Metoda přímé detekce specifických genů v koloniích bakterií

HRADECKÁ, Helena, Eva MICHALOVÁ and Vladislava RŮŽIČKOVÁ. Metoda přímé detekce specifických genů v koloniích bakterií (Method of direct detection of specific genes in bacterial colonies). In Tomáškovy dny 2003. XII konference. LF MU Brno: Mikrobiologický ústav LF MU a FN v Brně, 2003, p. 8.

Basic information

• Original name: Metoda přímé detekce specifických genů v koloniích bakterií
• Name (in English): Method of direct detection of specific genes in bacterial colonies
• Authors: HRADECKÁ, Helena (203 Czech Republic), Eva MICHALOVÁ (203 Czech Republic) and Vladislava RŮŽIČKOVÁ (203 Czech Republic, guarantor).
• Edition: XII konference. LF MU Brno, Tomáškovy dny 2003, p. 8-8, 2003.
• Publisher: Mikrobiologický ústav LF MU a FN v Brně

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Proceedings paper
• Field of Study: Genetics and molecular biology
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/03:00008772
• Organization unit: Faculty of Science
• Keywords in English: Staphylococcus aureus; S epidermidis; S. hyicus; S intermedius; toxins
• Tags: S epidermidis, S intermedius, S. hyicus, Staphylococcus aureus, toxins

Abstract

V širokém spektru molekulárně genetických metod používaných v diagnostice klinicky významných druhů bakterií jsou nejčastěji používány metody makrorestrikční analýzy pomocí pulzní elektroforézy a PCR amplifikace sekvencí specifických genů kódujících faktory virulence. Klíčovou roli v identifikaci těchto genů hraje využití molekulárních sond a hybridizace. Na našem pracovišti byla vyzkoušena a ověřena metoda hybridizace kolonií, a to na toxinogenních kmenech bakterií rodu Staphylococcus. V této práci byly v hybridizačních experimentech použity digoxigeninem značené molekulární sondy, které jsou odvozeny ze sekvencí genů kódujících enterotoxin C (SEC) a termostabilní nukleázu (TN). Umožnily detekovat přítomnost genu sec1 a genu nuc přímo v genomu jedenácti SEC- a třinácti TN-pozitivních kmenů S. aureus. U dvou SEC negativních kmenů S. aureus a u jiných druhů stafylokoků jako jsou S. epidermidis, S. hyicus a S. intermedius, nebyly zaznamenány žádné hybridizační signály. Lze konstatovat, že tato metoda poskytuje primární informaci o přítomnosti určité sekvence v genomu jako celku. Je vhodná pro základní genetický skríning mikroorganismů, zejména ve smíšených kulturách. Metoda je výhodná z hlediska úspory času a materiálu potřebného na izolaci DNA a Southernův přenos a je dostačující tam, kde nejsou kladeny nároky na přesnou lokalizaci dané sekvence v chromozomu.

Abstract (in English)

Among a wide spectrum of molecular biology methods, the macrorestriction analysis using PFGE, and PCR amplification of specific genes encoding virulence factors are the most methods employed for the diagnostics of clinically significant bacterial genera. The key role play the usage of molecular probes and of the hybridization. In our department, the method of colony hybridization has been employed and verified, namely in toxinogenic strains of Staphylococcus spp. Hybridization experiments have been performed with digoxigenin-labeled molecular probes, derived from sequences of enterotoxin C (SEC) and thermostable nuclease (TN) genes. They allowed us to confirm the presence of sec1 and nuc genes directly in the genomes of eleven SEC- and thirteen TN-positive S. aureus strains. In two SEC-negative S. aureus strains and in the other staphylococci, i.e. S. epidermidis, S. hyicus and S. intermedius, no hybridization signals have been observed. It could be concluded, that this method gives the primary information about the presence of certain sequence in the whole genome. It is appropriate for the basic genetic screening of microorganism, especially in mixed cultures. The strength of this method consists in the saving of time and material, needful for the DNA isolation and the Southern blotting. Colony hybridization is sufficient in all the cases if no demand on the precise localisation of the sequence in the genome is required.

Links

• MSM 143100008, plan (intention): Name: Genomy a jejich funkce

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Genomes and their functions