BOUCHAL, Pavel, Petra PŘECECHTĚLOVÁ, Zbyněk ZDRÁHAL and Igor KUČERA. Protein composition of Paracoccus denitrificans cells grown on various electron acceptors and in the presence of azide. Proteomics. Weinheim: Wiley-VCH, 2004, vol. 4, No 9, p. 2662-2671. ISSN 1615-9853.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name Protein composition of Paracoccus denitrificans cells grown on various electron acceptors and in the presence of azide
Name in Czech Proteinové složení buněk bakterie Paracoccus denitrificans rostlých na různých terminálních akceptorech a v přítomnosti azidu
Authors BOUCHAL, Pavel (203 Czech Republic, guarantor), Petra PŘECECHTĚLOVÁ (203 Czech Republic), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Czech Republic) and Igor KUČERA (203 Czech Republic).
Edition Proteomics, Weinheim, Wiley-VCH, 2004, 1615-9853.
Other information
Original language English
Type of outcome Article in a journal
Field of Study 10600 1.6 Biological sciences
Country of publisher Germany
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
WWW Supplementary tables Publikace ve formátu pdf
Impact factor Impact factor: 5.483
RIV identification code RIV/00216224:14310/04:00010229
Organization unit Faculty of Science
UT WoS 000223801300017
Keywords in English Paracoccus denitrificans; Protein database; Proteome; Terminal electron acceptor; Two-dimensional electrophoresis
Tags Paracoccus denitrificans, Protein database, proteome, terminal electron acceptor, Two-dimensional electrophoresis
Changed by Changed by: doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D., učo 8757. Changed: 12/1/2007 17:23.
Abstract
Two-dimensional gel electrophoresis with immobilised pH gradients was carried out on total cell lysates and membrane fractions of Paracoccus denitrificans with the aim to characterise differences in protein expression during growth under aerobic and various anaerobic conditions (with nitrate, nitrite or nitrous oxide). Comparative image analysis of the protein pattern revealed several subgroups of the total 800 protein spots resolved that were characteristically induced or repressed in response to individual electron acceptors. The respiratory inhibitor azide also exerted a profound influence upon cellular protein composition. However, since most of the proteins showing an altered expression pattern in cells growing on oxygen differed from those in cells growing on nitrite, we suppose that azide acts mainly indirectly, possibly by influencing other cellular signals. Limited information on the P. denitrificans genome has precluded the identification of more than 8 protein spots as yet. A public accessible P. denitrificans 2-DE protein database is currently built up at http://www.mpiib-berlin.mpg.de/2D-PAGE.
Abstract (in Czech)
Celobuněčné lyzáty a membránové frakce bakterie Paracoccus denitrificans byly analyzovány pomocí dvourozměrné elektroforézy s imobilizovanými pH gradienty s cílem charakterizovat rozdíly v expresi proteinů během růstu za aerobních a několika typech anaerobních podmínek (s dusičnanem, dusitanem a oxidem dusným). Komparativní obrazová analýza 2-D gelů odhalila několik skupin z celkového počtu 800 proteinových skvrn, které byly charakteristicky indukovány anebo potlačeny v odpovědi na daný terminální akceptor elektronů. Také respirační inhibitor azid vykazoval významné ovlivnění proteinových profilů. Jelikož však většina proteinů ovlivněných azidem v buňkách rostlých aerobně není totožná s proteiny v buňkách rostlých anaerobně na dusitanu, domníváme se, že azid účinkuje převážně nepřímo prostřednictvím dalších buněčných signálů. Omezená informace o genomu studované bakterie neumožnila identifikovat více než 8 fyziologicky významných proteinů. Veřejně dostupná 2-DE databáze P.denitrificans je dostupná na adrese http://www.mpiib-berlin.mpg.de/2D-PAGE.
Links
GA203/01/1589, research and development projectName: Mechanizmy regulace respiračních systémů denitrifikačních bakterií faktory prostředí
Investor: Czech Science Foundation, Mechanisms involved in regulation of respiratory systems in denitrification bacteria by environmental factors
MSM 143100005, plan (intention)Name: Strukturně-funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Biomolecular Structure-function Relationships and their role in the Metabolism
MSM 143100008, plan (intention)Name: Genomy a jejich funkce
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Genomes and their functions
PrintDisplayed: 6/10/2024 02:57