Identification of bacteriophage types and their carriage in Staphylococcus aureus

PANTŮČEK, Roman, Jiří DOŠKAŘ, Vladislava RŮŽIČKOVÁ, Petr KAŠPÁREK, Eva ORÁČOVÁ, Veronika KVARDOVÁ and Stanislav ROSYPAL. Identification of bacteriophage types and their carriage in Staphylococcus aureus. Archives of Virology. Wien: Springer-Verlag, 2004, vol. 149, No 9, p. 1689-1703. ISSN 0304-8608.

Basic information

• Original name: Identification of bacteriophage types and their carriage in Staphylococcus aureus
• Name in Czech: Identifikace typů bakteriofágů a profágů u Staphylococcus aureus
• Authors: PANTŮČEK, Roman (203 Czech Republic, guarantor), Jiří DOŠKAŘ (203 Czech Republic), Vladislava RŮŽIČKOVÁ (203 Czech Republic), Petr KAŠPÁREK (203 Czech Republic), Eva ORÁČOVÁ (203 Czech Republic), Veronika KVARDOVÁ (203 Czech Republic) and Stanislav ROSYPAL (203 Czech Republic).
• Edition: Archives of Virology, Wien, Springer-Verlag, 2004, 0304-8608.

Other information

• Original language: English
• Type of outcome: Article in a journal
• Field of Study: Genetics and molecular biology
• Country of publisher: Austria
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• WWW: [Full Text] [Abstract]
• Impact factor: Impact factor: 1.841
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/04:00010234
• Organization unit: Faculty of Science
• UT WoS: 000223910100002
• Keywords in English: Staphylococcus aureus bacteriophages; lysogeny; prophage detection; multiplex PCR; bacteriophage genomics
• Tags: bacteriophage genomics, Lysogeny, Multiplex PCR, Prophage detection, Staphylococcus aureus bacteriophages
• Tags: International impact, Reviewed

Abstract

Conserved genomic sequences distinctive of Staphylococcus aureus phage species 3A, 11, 77, 187 and Twort, representative of phage serogroups A, B, F, L and D, were identified and characterized. PCR primers designed for the above sequences were used for development of a multiplex PCR assay which enabled us not only to classify all phages of the International Typing Set plus 16 additional phages to species, but also to detect prophages in S. aureus genomes. One to four different prophages were unambiguously detected in experimentally lysogenized S. aureus strains, and substantial variation in prophage content was found in 176 S. aureus clinical strains of different provenance. In addition, by using a comparative genomics approach, all the prophages in the S. aureus genomes sequenced to date could be revealed and classified to phage species

Abstract (in Czech)

Z konzervativních sekvencí genomů Staphylococcus aureus bakteriofágových druhů 3A, P11-M15, 77, 187 a Twort reprezentujících fágové seroskupiny A, B, F, L a D bylo navrženo 5 párů primerů, jeden pro každý fágový druh. Pro fágový druh 77 reprezentovaný fágy phi13 a phi77 byly navrženy další dva páry primerů umožňující diferenciaci dvou odlišných fágových kmenů serologické skupiny F integrovaných současně v genomu. Byla zavedena metoda multiplex-PCR a uzpůsobena tak, aby umožnila identifikaci fágů těchto druhů a detekci profágů v genomech S. aureus v reakci v jedné zkumavce. U experimentálně lyzogenizovaných kmenů S. aureus 8325-4 fágy phi11, phi47, phi53, phi84, phi85, phi77 a S. aureus 8325 fágem phi77 se touto metodou podařilo detekovat současně jednoho až čtyři odlišné profágy. Metoda umožňuje přiřadit k fágovému druhu a současně k serologické skupině 23 fágů Mezinárodní standardní řady pro fagotypizaci. Také všechny profágy odhalené v sekvencovaných genomech S. aurues (8325, Mu50, N315, MW2, COL, MRSA 252 a MSSA 476) jsou na základě sekvenční homologie typizovatelné. Podstatné rozdíly v obsahu profágů byly zjištěny jak metodou multiplex PCR, tak selektivní hybridizací u modelového souboru MRSA kmenů, vykazujících nízkou variabilitu v makrorestrikčních spektrech stanovených PFGE. Rozdíly v obsahu profágů lze proto doporučit pro epidemiologické účely a k přesné typizaci MRSA kmenů. Detekce profágů pomocí multiplex PCR je snadnější a rychlejší než standardní metody UV- indukce a mitomycinem C a také než detekce hybridizací pomocí sond a navíc je její výhodou to, že poskytuje údaj nejen o přítomnosti profága, ale umožňuje i jeho zařazení do fágového druhu.

Links

• GA203/03/0515, research and development project: Name: Integrovaná analýza genomu a proteomu terapeuticky významných bakteriofágů kombinací elektroforézy a hmotnostní spektrometrie

Investor: Czech Science Foundation, Integrated genome and proteome analysis of therapeutically important bacteriophages by combination of electrophoresis and mass spectrometry

• GA301/02/1505, research and development project: Name: Molekulární diagnostika, epidemiologie a klasifikace klinicky významných grampozitivních koků

Investor: Czech Science Foundation, Molecular diagnostic, epidemiology and classification of pathogenic Gram positive cocci

• MSM 143100008, plan (intention): Name: Genomy a jejich funkce

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Genomes and their functions