SVOBODA, David. Towards a Fully Automated Tissue Cell Segmentation Method. In Visualization, Imaging, and Image Processing. Anaheim, Calgary, Zurich: ACTA Press, 2004, p. 430-434. ISBN 0-88986-454-3.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name Towards a Fully Automated Tissue Cell Segmentation Method
Name in Czech Směrem k plně automatizované metodě segmentace tkání
Authors SVOBODA, David (203 Czech Republic, guarantor).
Edition Anaheim, Calgary, Zurich, Visualization, Imaging, and Image Processing, p. 430-434, 5 pp. 2004.
Publisher ACTA Press
Other information
Original language English
Type of outcome Proceedings paper
Field of Study 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Country of publisher Spain
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
WWW URL
RIV identification code RIV/00216224:14330/04:00010272
Organization unit Faculty of Informatics
ISBN 0-88986-454-3
UT WoS 000228556600075
Keywords in English Biomedical image segmentation; Adaptive thresholding; Gradient based thresholding; Region labeling
Tags Adaptive thresholding, Biomedical image segmentation, Gradient based thresholding, Region labeling
Changed by Changed by: doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D., učo 2824. Changed: 22/1/2008 08:16.
Abstract
In this paper, an automatic method for tissue cell localization is proposed. It is based on the principle of adaptive thresholding. While the general adaptive thresholding method requires setting of some parameters by user, a novel algorithm chooses suitable thresholds and image division on its own. The resulting binary image is then submitted to a region labeling procedure. Each individual region is inspected and tested for suitability for further processing. Finally, each region is marked by one marker. Feasibility of this approach has already been successfully tested on 3D colon tissue images.
Abstract (in Czech)
V tomto článku je navržena plně automatizovaná metoda sloužící k lokalizaci buněk ve snímcích tkání. Metoda je založena na principu adaptivního prahování. Zatímco obecná metoda adaptivního prahování vyžaduje ke svému spuštění určitý počet vstupů, nová metoda je schopna tyto si parametry vhodně nastavit sama. Po odprahování výsledný binární obraz podléhá algoritmu "region labeling". Následně je každá nalezená buňka v obraze prověřena a otestována, zda je vůbec vhodná pro zařazení k dalším výpočtům. Na závěr je každá buňka opatřena značkou, která identifikuje polohu této buňky v rámci celého snímku tkáně. Vhodnost této metody již byla úspěšně prověřena na 3D snímcích tkání tlustého střeva.
Links
IAA5004306, research and development projectName: Struktura lidského genomu
Investor: Academy of Sciences of the Czech Republic, Human genome structure
IBS5004010, research and development projectName: Vývoj nových diagnostických technik pro onkologii
Investor: Academy of Sciences of the Czech Republic, Development of new diagnostic teniques for oncology
MSM 143300002, plan (intention)Name: Využití počítačové analýzy obrazu v optické mikroskopii
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Application of computer image analysis in optical microscopy
PrintDisplayed: 12/6/2024 11:47