Srovnávací genomika fágů  Staphylococcus aureus  z čeledi 
Siphoviridae

J 2004

Srovnávací genomika fágů Staphylococcus aureus z čeledi Siphoviridae

PANTŮČEK, Roman, Jiří DOŠKAŘ and Vladislava RŮŽIČKOVÁ

Basic information

Original name

Srovnávací genomika fágů Staphylococcus aureus z čeledi Siphoviridae

Name (in English)

Comparative genomics of Staphylococcus aureus bacteriophages from family Siphoviridae

Authors

PANTŮČEK, Roman (203 Czech Republic, guarantor), Jiří DOŠKAŘ (203 Czech Republic) and Vladislava RŮŽIČKOVÁ (203 Czech Republic)

Edition

Bulletin Československé společnocti mikrobiologické, Praha, ČSSM, 2004, 0009-0646

Other information

Language

Czech

Type of outcome

Článek v odborném periodiku

Field of Study

Genetics and molecular biology

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

RIV identification code

RIV/00216224:14310/04:00011590

Organization unit

Faculty of Science

Keywords in English

bacteriophages; genomics; bioinformatics

Abstract

ORIG EN

V originále

Čeleď Siphoviridae zahrnuje mírné bakteriofágy, které hrají významnou roli v biologii druhu S. aureus a obvykle mění jeho fenotyp lyzogenní konverzí spojenou s expresí několika genů pro faktory virulence. Znalost, jakou roli hraje lyzogenní stav má význam nejen z obecného molekulárně biologického hlediska týkajícího se virulence a evoluce stafylokokových kmenů, ale také pro stanovení značné genomové variability druhu S. aureus. V této práci bylo studováno 18 dokončených genomů mírných stafylokokových fágů nebo profágů čeledi Siphoviridae. Třináct genomů bylo převzato z databáze GenBank a dalších 5 bylo extrahováno z nedokončených stafylokokových genomů kmenů COL, MRSA 252 a MSSA 476. Pro klasifikaci 18 fágů do fágových typů a srovnání jejich genomů byly použity metody bioinformatiky pro lokální a globální seřazení sekvencí, grafické vykreslení tečkových matricí a srovnání transkripčních map otevřených čtecích rámců. Provedená srovnávací analýza sekvencí genomů fágů ukázala jejich vysokou rozmanitost a mozaikový charakter, které jsou výsledkem rekombinací a horizontálního přenosu sekvencí. Na základě podobnosti sekvencí byly fágy klasifikovány do 3 skupin (typ 3A, typ 11 a typ 77). Typy 77 a 11 pak obsahovaly každá 2 podskupiny. Tyto skupiny odpovídají předběžně navrženým fágovým druhům stafylokokových fágů čeledi Siphoviridae. U předpokládaných fágových druhů byly identifikovány a na dalších kmenech fágů experimentálně ověřeny charakteristické konzervativní sekvence DNA, kódující strukturní proteiny fágových bičíků a vláken bičíků. PCR primery navržené pro výše zmíněné druhově specifické sekvence byly použity pro vývoj a zavedení multiplex PCR reakce, která umožňuje klasifikaci fágů a detekci profágů v genomech S. aureus. Celkové srovnání sekvencí fágových genomů umožnilo identifikaci 4 konzervativních oblastí přítomných u všech stafylokokových fágů čeledi Siphoviridae. K těmto oblastem patří sekvence s pravděpodobnou regulační funkcí mezi geny pro integrázu a excizionázu, sekvence homologu ORF38 fága PVL, sekvence genu rinB a nekódující sekvence oddělující bičíkovou a lytickou kazetu. Z výsledků práce vyplývá, že srovnávací analýza fágových genomů poskytuje základ pro jejich taxonomickou klasifikaci. Stanovení obsahu profágů a jejich podrobná typizace provedená např. selektivní hybridizací navíc poskytuje nový přístup pro molekulární diagnostiku kmenů S. aureus. Práce byla podporována grantem GA ČR č. 301/02/1505 a výzkumným záměrem MŠMT ČR č. 143100008.

In English

neuvedena

Links

GA203/03/0515, research and development project

Name: Integrovaná analýza genomu a proteomu terapeuticky významných bakteriofágů kombinací elektroforézy a hmotnostní spektrometrie

Investor: Czech Science Foundation, Integrated genome and proteome analysis of therapeutically important bacteriophages by combination of electrophoresis and mass spectrometry

GA301/02/1505, research and development project

Name: Molekulární diagnostika, epidemiologie a klasifikace klinicky významných grampozitivních koků

Investor: Czech Science Foundation, Molecular diagnostic, epidemiology and classification of pathogenic Gram positive cocci

Citovat

PANTŮČEK, Roman, Jiří DOŠKAŘ and Vladislava RŮŽIČKOVÁ. Srovnávací genomika fágů Staphylococcus aureus z čeledi Siphoviridae (Comparative genomics of Staphylococcus aureus bacteriophages from family Siphoviridae). Bulletin Československé společnocti mikrobiologické. Praha: ČSSM, 2004, vol. 45, Suppl. 3A, p. 243. ISSN 0009-0646.

@article{558802,
   author = {Pantůček, Roman and Doškař, Jiří and Růžičková, Vladislava},
   article_location = {Praha},
   article_number = {Suppl. 3A},
   keywords = {bacteriophages; genomics; bioinformatics},
   language = {cze},
   issn = {0009-0646},
   journal = {Bulletin Československé společnocti mikrobiologické},
   title = {Srovnávací genomika fágů Staphylococcus aureus z čeledi Siphoviridae},
   volume = {45},
   year = {2004}
}

TY  - JOUR
ID  - 558802
AU  - Pantůček, Roman - Doškař, Jiří - Růžičková, Vladislava
PY  - 2004
TI  - Srovnávací genomika fágů Staphylococcus aureus z čeledi Siphoviridae
JF  - Bulletin Československé společnocti mikrobiologické
VL  - 45
IS  - Suppl. 3A
SP  - 243
EP  - 243
PB  - ČSSM
SN  - 00090646
KW  - bacteriophages
KW  - genomics
KW  - bioinformatics
N2  - Čeleď Siphoviridae zahrnuje mírné bakteriofágy, které hrají významnou roli v biologii druhu S. aureus a obvykle mění jeho fenotyp lyzogenní konverzí spojenou s expresí několika genů pro faktory virulence. Znalost, jakou roli hraje lyzogenní stav má význam nejen z obecného molekulárně biologického hlediska týkajícího se virulence a evoluce stafylokokových kmenů, ale také pro stanovení značné genomové variability druhu S. aureus. V této práci bylo studováno 18 dokončených genomů mírných stafylokokových fágů nebo profágů čeledi Siphoviridae. Třináct genomů bylo převzato z databáze GenBank a dalších 5 bylo extrahováno z nedokončených stafylokokových genomů kmenů COL, MRSA 252 a MSSA 476. Pro klasifikaci 18 fágů do fágových typů a srovnání jejich genomů byly použity metody bioinformatiky pro lokální a globální seřazení sekvencí, grafické vykreslení tečkových matricí a srovnání transkripčních map otevřených čtecích rámců. Provedená srovnávací analýza sekvencí genomů fágů ukázala jejich vysokou rozmanitost a mozaikový charakter, které jsou výsledkem rekombinací a horizontálního přenosu sekvencí. Na základě podobnosti sekvencí byly fágy klasifikovány do 3 skupin (typ 3A, typ 11 a typ 77). Typy 77 a 11 pak obsahovaly každá 2 podskupiny. Tyto skupiny odpovídají předběžně navrženým fágovým druhům stafylokokových fágů čeledi Siphoviridae. U předpokládaných fágových druhů byly identifikovány a na dalších kmenech fágů experimentálně ověřeny charakteristické konzervativní sekvence DNA, kódující strukturní proteiny fágových bičíků a vláken bičíků. PCR primery navržené pro výše zmíněné druhově specifické sekvence byly použity pro vývoj a zavedení multiplex PCR reakce, která umožňuje klasifikaci fágů a detekci profágů v genomech S. aureus. Celkové srovnání sekvencí fágových genomů umožnilo identifikaci 4 konzervativních oblastí přítomných u všech stafylokokových fágů čeledi Siphoviridae. K těmto oblastem patří sekvence s pravděpodobnou regulační funkcí mezi geny pro integrázu a excizionázu, sekvence homologu ORF38 fága PVL, sekvence genu rinB a nekódující sekvence oddělující bičíkovou a lytickou kazetu. Z výsledků práce vyplývá, že srovnávací analýza fágových genomů poskytuje základ pro jejich taxonomickou klasifikaci. Stanovení obsahu profágů a jejich podrobná typizace provedená např. selektivní hybridizací navíc poskytuje nový přístup pro molekulární diagnostiku kmenů S. aureus. Práce byla podporována grantem GA ČR č. 301/02/1505 a výzkumným záměrem MŠMT ČR č. 143100008.
ER  -

PANTŮČEK, Roman, Jiří DOŠKAŘ and Vladislava RŮŽIČKOVÁ. Srovnávací genomika fágů $<$I$>$ Staphylococcus aureus $<$/I$>$ z čeledi $<$I$>$ Siphoviridae$<$/I$>$ (Comparative genomics of Staphylococcus aureus bacteriophages from family Siphoviridae). \textit{Bulletin Československé společnocti mikrobiologické}. Praha: ČSSM, 2004, vol.~45, Suppl. 3A, p.~243. ISSN~0009-0646.

Detailed Information on Publication Record