J 2004

Indel patterns of the plastid DNA trnL-trnF region within the genus Poa (Poaceae)

STONEBERG HOLT, Sierra Dawn, Lucie HOROVÁ a Petr BUREŠ

Základní údaje

Originální název

Indel patterns of the plastid DNA trnL-trnF region within the genus Poa (Poaceae)

Název česky

Indelové paterny trnL-trnF regionu plastidové DNA v rámci rodu Poa (Poaceae)

Autoři

STONEBERG HOLT, Sierra Dawn (840 Spojené státy, garant), Lucie HOROVÁ (203 Česká republika) a Petr BUREŠ (203 Česká republika)

Vydání

Journal of Plant Research, Tokyo, Springer-Verlag Tokyo, 2004, 0918-9440

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Japonsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 1.224

Kód RIV

RIV/00216224:14310/04:00010417

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

UT WoS

000224761200008

Klíčová slova anglicky

Indel patterns; infrageneric variability; Poa; Poaceae; trnL intron; trnL-trnF IGS

Štítky

Indel patterns, infrageneric variability, Poa, Poaceae, trnL intron, trnL-trnF IGS

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 25. 6. 2009 11:20, prof. RNDr. Petr Bureš, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

The use of insertion/deletion (indel) patterns from sequences of the trnL intron and trnL-F intergenic spacer (IGS) in finding plastid genome types of the genus Poa L. was studied. New sequences for 23 taxa (P. alpina, P. badensis, P. bulbosa, P. crassipes, P. molinerii, P. annua, P. chaixii, P. granitica, P. pratensis, P. sibirica, P. remota, P. botryoides, P. cenisia, P. compressa, P. laxa, P. margilicola, P. media, P. nemoralis, P. palustris, P. pannonica, P. pirinica, P. riphaea, and P. sejuncta) and 18 previously published sequences, which represent 11 of the 13 sections listed for Poa in Flora Europaea, were investigated. Indel patterns, despite sampling less than 0.7 % of the plastid genome, produced four taxa groupings that were congruent with the major divisions obtained in intensive, previously published restriction site studies. Insertion/deletion events in the trnL intron and trnL-trnF IGS were in nearly all cases unique to a single pattern group and thus provided almost no information about relationships among these groups. Indels did, however, provide a meaningful infrageneric classification criterion for Poa. They can serve as useful tools in studying relationships within this genus.

Česky

Pro klasifikaci skupin taxonů z rodu Poa s různými typy plastidových genomů byly použity indely (inzerce/delece) z trnL intronu a trnL-trnF mezigenového spaceru (IGS). V rámci 11 z 13 sekcí rodu Poa prezentovaných ve díle Flora Europaea bylo nově sekvencováno celkem 23 taxonů (P. alpina, P. badensis, P. bulbosa, P. crassipes, P. molinerii, P. annua, P. chaixii, P. granitica, P. pratensis, P. sibirica, P. remota, P. botryoides, P. cenisia, P. compressa, P. laxa, P. margilicola, P. media, P. nemoralis, P. palustris, P. pannonica, P. pirinica, P. riphaea, and P. sejuncta) a dále 18 sekvencí, dostupných z databáze NCBI. Sekvenční paterny indelů, zahrnující méně než 0.7 % plastidového genomu, potvrdily čtyři skupiny taxonů, již dříve vymezené na základě restrikční analýzy celé plastidové DNA. Zjištěné indely byly téměř vždy unikátní pro danou skupinu a nebylo je proto možné využít k posouzení vzájemné příbuznosti skupin. Byly však užitečné pro infragenerickou klasifikaci rodu Poa.

Návaznosti

MSM 143100010, záměr
Název: Časoprostorová dynamika biodiverzity v ekosystémech střední Evropy.
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Časoprostorová dynamika biodiverzity v ekosystémech střední Evropy
Zobrazeno: 5. 11. 2024 15:37