HOFMAN, Jakub, Jiří ŠVIHÁLEK and Ivan HOLOUBEK. Evaluation of functional diversity of soil microbial communities - a case study. Plant Soil Environment. Praha, vol. 50, No 4, p. 141-148. ISSN 1214-1178. 2004.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name Evaluation of functional diversity of soil microbial communities - a case study
Name in Czech Hodnocení funkční diverzity půdních mikrobiálních společenstev - případová studie
Authors HOFMAN, Jakub (203 Czech Republic, guarantor), Jiří ŠVIHÁLEK (203 Czech Republic) and Ivan HOLOUBEK (203 Czech Republic).
Edition Plant Soil Environment, Praha, 2004, 1214-1178.
Other information
Original language English
Type of outcome Article in a journal
Field of Study 10600 1.6 Biological sciences
Country of publisher Czech Republic
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
Impact factor Impact factor: 0.170
RIV identification code RIV/00216224:14310/04:00010825
Organization unit Faculty of Science
UT WoS 000221095900001
Keywords in English BIOLOG; soil microorganisms; soil monitoring; functional diversity
Tags BIOLOG, functional diversity, soil microorganisms, soil monitoring
Tags International impact, Reviewed
Changed by Changed by: prof. RNDr. Jakub Hofman, Ph.D., učo 22745. Changed: 30/3/2010 22:41.
Abstract
In our case study, we measured the functional diversity of the microbial communities of twelve soils from the small natural area to assess if this assay is suitable for routine monitoring of soil biological quality. We found the BIOLOG assay meets especially practical benefits in routine monitoring of soils being simple and quick assay. However, we confirmed the ambiguity about the most appropriate analysis of the BIOLOG multivariate data and about the best parameter, which can be derived from the assay. The different analyses of the data were examined and various parameters derived from the BIOLOG assay were comparatively used to contribute to the discussion of how the data should be evaluated. We showed that not-normalized raw absorbances or trapezoid areas should be used for calculation of diversity index if the inoculum was standardized. There was no single answer to what parameter provided more correct results in the multivariate statistical analysis. Evaluating at least one not-normalized (e.g. trapezoid area) and one normalized parameter (e.g. absorbances read in fixed AWCD) was strongly suggested keeping in mind that they reveal different information.
Abstract (in Czech)
V této případové studii jsme měřili funkční diverzitu půdních mikrobiálních společenstev dvanácti půd z malé přírodní oblasti s cílem posoudit vhodnost použití tohoto přístupu pro rutinní monitoring půdní biologické kvality. Shledali jsme, že metoda BIOLOG splňuje zejména praktické výhody pro rutinní monitoring půd, protože je rychlá a jednoduchá. Na druhou stranu jsme potvrdili nejednoznačnost kolem nejvhodnější analýzy vícerozměrných dat z použité metody. Také výběr nejlepšího parametru metody je problematický. Abychom přispěli k diskusi, jak mají být data z metody BIOLOG hodnocena, použili jsme pro srovnání různé parametry a způsoby jejich vyhodnocení. Ukázalo se, že pokud bylo inokulum standardizováno, měly by být pro výpočet indexu diverzity použity nenormalizované absorbance či trapezoid areas. Co se týká vícerozměrných statistických analýz, nelze jednoznačně určit, který parametr je korektnější. Bylo doporučeno hodnocení alespoň jednoho nenormalizovaného (např. trapezoid area) a jednoho normalizovaného (např. absorbance měřená při daném AWCD) parametru s tím, že je nutno mít na paměti, že přináší jinou informaci.
Links
MSM 141100003, plan (intention)Name: Zevní prostředí - karcinogeneze - onkologie
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Environment - carcinogenesis - oncology
PrintDisplayed: 29/3/2024 00:27