NMR Distance Restraints At Low Temperatures : An Application to DNA Hairpin.

MATEJKOVÁ, Michaela, Petr PADRTA, Radovan FIALA and Vladimír SKLENÁŘ. NMR Distance Restraints At Low Temperatures : An Application to DNA Hairpin. In 19th NMR Valtice : Central European NMR Discussion Groups. Brno: Masarykova univerzita, 2004, p. 29-29. ISBN 80-210-3352-5.

Basic information

• Original name: NMR Distance Restraints At Low Temperatures : An Application to DNA Hairpin.
• Name in Czech: Extrakce NMR dat s využitím nízkoteplotních měření : Aplikace metody pro DNA hairpin.
• Authors: MATEJKOVÁ, Michaela (703 Slovakia), Petr PADRTA (203 Czech Republic), Radovan FIALA (203 Czech Republic) and Vladimír SKLENÁŘ (203 Czech Republic, guarantor).
• Edition: Brno, 19th NMR Valtice : Central European NMR Discussion Groups, p. 29-29, 1 pp. 2004.
• Publisher: Masarykova univerzita

Other information

• Original language: English
• Type of outcome: Proceedings paper
• Field of Study: 10600 1.6 Biological sciences
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/04:00011099
• Organization unit: Faculty of Science
• ISBN: 80-210-3352-5
• Keywords in English: NMR;DNA;structure
• Tags: DNA, NMR, structure

Abstract

Short DNA hairpins play a significant role in a number of biological processes. The most interesting feature of the oligonucleotides with a general sequence d(GCGNAGC) (N=A,G,C,T) is their extraordinary stability represented by high melting temperatures, polyacrylamide gel mobility, and resistance against nucleases. Detailed knowledge of these structures helps understand their unique behavior. One of these fragments, the d(GCGAAGC) structure has been solved previously by NMR spectroscopy using the NOE-derived distances, torsion angles, and residual dipolar couplings [1]. The aim of the present study is a new structure calculation of d(GCGAAGC) based on NOE data measured at temperatures below 273 K when the intramolecular motions and the chemical exchange of the amino protons are inhibited. We focused here on a comparison of number of restraints derived from the NOESY spectra at 268K and 303K, paying our attention to amino and imino connectivities within a molecule. The approach used for the d(GCGAAGC) structure calculation should also be used for the calculation of the corresponding r(GCGAAGC) hairpin structure which is much less stable.

Abstract (in Czech)

Krátké DNA oligonukleotidy hrají významnou úlohu v mnohých biologických procesech. Nejzajímavějsí vlastností hairpinů s obecnou sekvencí d(GCGNAGC) (N=A,G,C,T) je jejich výjimečná stabilita, reprezentovaná vysokou teplotou tání hairpinů, jejich zvýšenou mobilitou u PAGE elektroforézy a odolností vůči nukleázám. Proto poznáním a studiem jejich struktur můžeme lépe porozumět i jejich výjimečnému chování. Struktura jednoho z těchto oligonukleotidů, d(GCGAAGC), byla nedávno vyřešena pomocí NMR spektroskopie s využitím meziprotonových vzdáleností získaných z NOESY spekter, torzních úhlů i zbytkových dipolárních interakcí. Cílem teto studie byl výpočet struktury zmíněného hairpinu d(GCGAAGC) s využitím dat získaných z NOESY spekter, změřených při teplotě pod 273K. Při této teplotě dochází k potlačení chemické výměny i intramolekulárních pohybů, čímž lze získat více dat potrebných pro následné řešení struktury molekuly.

Links

• LN00A016, research and development project: Name: BIOMOLEKULÁRNÍ CENTRUM

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Biomolecular Center