ŠMAJS, David and Petra MATĚJKOVÁ. Treponema pallidum susp. pallidum v postgenomické éře (Treponema pallidum susp. pallidum in the postgenomic era). Bulletin Československé společnosti mikrobiologické. Praha-Bratislava: ČSSM, XXXXV, A, p. 114. ISSN 0009-0646. 2004.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name Treponema pallidum susp. pallidum v postgenomické éře
Name in Czech Treponema pallidum susp. pallidum v postgenomické éře
Name (in English) Treponema pallidum susp. pallidum in the postgenomic era
Authors ŠMAJS, David (203 Czech Republic, guarantor) and Petra MATĚJKOVÁ (203 Czech Republic).
Edition Bulletin Československé společnosti mikrobiologické, Praha-Bratislava, ČSSM, 2004, 0009-0646.
Other information
Original language Czech
Type of outcome Article in a journal
Field of Study Genetics and molecular biology
Country of publisher Czech Republic
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
RIV identification code RIV/00216224:14110/04:00012107
Organization unit Faculty of Medicine
Keywords in English Treponema pallidum susp. pallidum; comparative genomics; functional genomics
Tags comparative genomics, functional genomics, Treponema pallidum susp. pallidum
Changed by Changed by: prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D., učo 1116. Changed: 30/5/2005 15:46.
Abstract
Genomy blízce příbuzných patogenních treponem byly porovnány řadou metod komparativní a funkční genomiky. Genom původce syfilis, Treponema pallidum ssp. pallidum (kmen Nichols a SS14), byl porovnán s genomem původce yaws, Treponema pallidum ssp. pertenue (kmen Samoan D a Gauthier) a s genomem spirochety nepatogenní pro člověka, Treponema paraluiscuniculi. Byly použity techniky zahrnující DNA-microarray pro rychlé srovnání blízce příbuzných genomů, identifikace DNA polymorfismů technikou oligonukleotidových DNA-čipů, technika XL PCR amplifikace kompletní genomové DNA s následným restrikčním mapováním PCR produktů a sekvenace genomové DNA pro verifikaci již zjištěných rozdílů a pro sekvenaci odlišných částí genomů. Technikou DNA-microarray a PCR v reálném čase byla také studována exprese treponemálních genů u zástupců jmenovaných poddruhů a druhů v průběhu experimentální infekce králíků (včetně vyšetření treponem izolovaných z kožních lézí). Technika DNA-microarray pro rychlé srovnání blízce příbuzných genomů neprokázala signifikantní rozdíly mezi genomy T. pallidum ssp. pallidum a T. pallidum ssp. pertenue, zato však identifikovala 15 oblastí, které jsou deletovány (anebo jsou sekvenčně odlišné) v genomu T. paraluiscuniculi. Identifikace DNA polymorfismů technikou oligonukleotidových DNA-čipů v genomu T. pallidum ssp. pertenue (kmen Gauthier) prokázala přítomnost 20 sekvenčně odlišných oblastí v délce od několika nukleotidů do 2 kb a dalších 231 polymorfismů. Metoda XL PCR amplifikace kompletní genomové DNA s následným restrikčním mapováním byla použita pro verifikaci rozdílů zjištěných pomocí techniky DNA čipů. Sekvenace genomové DNA byla použita pro stanovení frekvence výskytu DNA polymorfismů u T. paraluiscuniculi, kde odhalila jejich asi desetinásobně častější výskyt oproti poddruhům T. pallidum ssp. pertenue. Zjišťování úrovně genové exprese identifikovalo geny s výrazně odlišnou aktivitou u jednotlivých zástupců např. u některých tpr genů. Zjištěné rozdíly v genomové struktuře vyšetřených kmenů budou využity pro vysvětlení rozdílného patogenního potenciálu jednotlivých kmenů pro člověka a pro navržení sekvenčně-specifické DNA diagnostiky.
Abstract (in English)
Genomes of closely related treponemes were compared using several methods of comparative and functional genomics. Genome of the causative agent of syphilis, Treponema pallidum ssp. pallidum (strain Nichols and SS14) was compared with the genome of causative agent of yaws, Treponema pallidum ssp. pertenue (strain Samoan D and Gauthier) and with the genome of non=pathogenic spirochete Treponema paraluiscuniculi.
Links
GA310/04/0021, research and development projectName: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum
Investor: Czech Science Foundation, Postgenomic studies on Treponema pallidum, the syphilis spirochete
NI7351, research and development projectName: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice
Investor: Ministry of Health of the CR
PrintDisplayed: 16/4/2024 23:04