Další formáty:
BibTeX
LaTeX
RIS
@article{571710,
author = {Šmajs, David and Matějková, Petra},
article_location = {Praha-Bratislava},
article_number = {A},
keywords = {Treponema pallidum susp. pallidum; comparative genomics; functional genomics},
language = {cze},
issn = {0009-0646},
journal = {Bulletin Československé společnosti mikrobiologické},
title = {Treponema pallidum susp. pallidum v postgenomické éře},
volume = {XXXXV},
year = {2004}
}
TY - JOUR
ID - 571710
AU - Šmajs, David - Matějková, Petra
PY - 2004
TI - Treponema pallidum susp. pallidum v postgenomické éře
JF - Bulletin Československé společnosti mikrobiologické
VL - XXXXV
IS - A
SP - 114
EP - 114
PB - ČSSM
SN - 00090646
KW - Treponema pallidum susp. pallidum
KW - comparative genomics
KW - functional genomics
N2 - Genomy blízce příbuzných patogenních treponem byly porovnány řadou metod komparativní a funkční genomiky. Genom původce syfilis, Treponema pallidum ssp. pallidum (kmen Nichols a SS14), byl porovnán s genomem původce yaws, Treponema pallidum ssp. pertenue (kmen Samoan D a Gauthier) a s genomem spirochety nepatogenní pro člověka, Treponema paraluiscuniculi. Byly použity techniky zahrnující DNA-microarray pro rychlé srovnání blízce příbuzných genomů, identifikace DNA polymorfismů technikou oligonukleotidových DNA-čipů, technika XL PCR amplifikace kompletní genomové DNA s následným restrikčním mapováním PCR produktů a sekvenace genomové DNA pro verifikaci již zjištěných rozdílů a pro sekvenaci odlišných částí genomů. Technikou DNA-microarray a PCR v reálném čase byla také studována exprese treponemálních genů u zástupců jmenovaných poddruhů a druhů v průběhu experimentální infekce králíků (včetně vyšetření treponem izolovaných z kožních lézí). Technika DNA-microarray pro rychlé srovnání blízce příbuzných genomů neprokázala signifikantní rozdíly mezi genomy T. pallidum ssp. pallidum a T. pallidum ssp. pertenue, zato však identifikovala 15 oblastí, které jsou deletovány (anebo jsou sekvenčně odlišné) v genomu T. paraluiscuniculi. Identifikace DNA polymorfismů technikou oligonukleotidových DNA-čipů v genomu T. pallidum ssp. pertenue (kmen Gauthier) prokázala přítomnost 20 sekvenčně odlišných oblastí v délce od několika nukleotidů do 2 kb a dalších 231 polymorfismů. Metoda XL PCR amplifikace kompletní genomové DNA s následným restrikčním mapováním byla použita pro verifikaci rozdílů zjištěných pomocí techniky DNA čipů. Sekvenace genomové DNA byla použita pro stanovení frekvence výskytu DNA polymorfismů u T. paraluiscuniculi, kde odhalila jejich asi desetinásobně častější výskyt oproti poddruhům T. pallidum ssp. pertenue. Zjišťování úrovně genové exprese identifikovalo geny s výrazně odlišnou aktivitou u jednotlivých zástupců např. u některých tpr genů. Zjištěné rozdíly v genomové struktuře vyšetřených kmenů budou využity pro vysvětlení rozdílného patogenního potenciálu jednotlivých kmenů pro člověka a pro navržení sekvenčně-specifické DNA diagnostiky.
ER -
ŠMAJS, David a Petra MATĚJKOVÁ. Treponema pallidum susp. pallidum v postgenomické éře. \textit{Bulletin Československé společnosti mikrobiologické}. Praha-Bratislava: ČSSM, XXXXV, A, s.~114. ISSN~0009-0646. 2004.
|
