Byl získán restrikční profil 52 oblastí (69 % genomu) u studovaných treponemálních kmenů. U dvou oblastí (TPI8 a TPI48) byla zjištěna delece v genomu T. paraluiscuniculi. Delece v TPI8 je přibližně 200 bp velká a nachází se v nekódující oblasti. Delece v TPI48 je velká přibližně 2,7 kb a zahrnuje 4 geny tprI, tprJ a dva geny kódující oblasti o neznámé funkci. U jedné oblasti (TPI2) byla nalezena inzerce o velikosti přibližně 150 bp v genomu T. paraluiscuniculi. U 16 TPI oblastí byl nalezen odlišný restrikční profil: u 2 oblastí T. pallidum subsp. pertenue Samoan D a u 15 oblastí T. paraluiscuniculi. Rozdílného restrikčního profilu v oblasti TPI80 (jak u kmene Samoan D, tak a u T. paraluiscuniculi) při štěpení Xba I bylo využito k jejich odlišení od ostatních kmenů. U zbývajících oblastí byl nalezen stejný restrikční profil pro jednotlivá štěpení příslušnými restrikčními enzymy. Výsledky naznačují vysokou míru sekvenční homologie mezi vyšetřenými kmeny. Ačkoliv je patogenita studovaných treponemálních kmenů různá, nebyly zjištěny zásadní rozdíly mezi srovnávanými oblastmi genomů. Ukazuje to na možnost, že rozdílná virulence treponemálních kmenů je podmíněna relativně malými odlišnostmi v příslušných genomech. Identifikovaných nukleotidových záměn lze využít při molekulární identifikaci treponemálních kmenů.