Restrikční profil genomů vybraných zástupců rodu Treponema

J 2004

Restrikční profil genomů vybraných zástupců rodu Treponema

STROUHAL, Michal and David ŠMAJS

Basic information

Original name

Restrikční profil genomů vybraných zástupců rodu Treponema

Name in Czech

Restrikční profil genomů vybraných zástupců rodu Treponema

Name (in English)

Genomic restriction profiles of the selected strains of the genus Treponema

Authors

STROUHAL, Michal (203 Czech Republic) and David ŠMAJS (203 Czech Republic, guarantor)

Edition

Bulletin Československé společnosti mikrobiologické, Praha-Bratislava, ČSSM, 2004, 0009-0646

Other information

Language

Czech

Type of outcome

Článek v odborném periodiku

Field of Study

Genetics and molecular biology

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

RIV identification code

RIV/00216224:14110/04:00012108

Organization unit

Faculty of Medicine

Keywords in English

T. pallidum; T. paraluiscuniculi

Abstract

ORIG EN

V originále

Byl získán restrikční profil 52 oblastí (69 % genomu) u studovaných treponemálních kmenů. U dvou oblastí (TPI8 a TPI48) byla zjištěna delece v genomu T. paraluiscuniculi. Delece v TPI8 je přibližně 200 bp velká a nachází se v nekódující oblasti. Delece v TPI48 je velká přibližně 2,7 kb a zahrnuje 4 geny tprI, tprJ a dva geny kódující oblasti o neznámé funkci. U jedné oblasti (TPI2) byla nalezena inzerce o velikosti přibližně 150 bp v genomu T. paraluiscuniculi. U 16 TPI oblastí byl nalezen odlišný restrikční profil: u 2 oblastí T. pallidum subsp. pertenue Samoan D a u 15 oblastí T. paraluiscuniculi. Rozdílného restrikčního profilu v oblasti TPI80 (jak u kmene Samoan D, tak a u T. paraluiscuniculi) při štěpení Xba I bylo využito k jejich odlišení od ostatních kmenů. U zbývajících oblastí byl nalezen stejný restrikční profil pro jednotlivá štěpení příslušnými restrikčními enzymy. Výsledky naznačují vysokou míru sekvenční homologie mezi vyšetřenými kmeny. Ačkoliv je patogenita studovaných treponemálních kmenů různá, nebyly zjištěny zásadní rozdíly mezi srovnávanými oblastmi genomů. Ukazuje to na možnost, že rozdílná virulence treponemálních kmenů je podmíněna relativně malými odlišnostmi v příslušných genomech. Identifikovaných nukleotidových záměn lze využít při molekulární identifikaci treponemálních kmenů.

In English

Genomes of T. pallidum subsp. pallidum and closely related treponemes were amplified using XL PCR and digested with BamH I, EcoR I a Hind III (or Spe I, Xba I a Xho I). Genetic differences were identified and discussed.

Links

GA310/04/0021, research and development project

Name: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

Investor: Czech Science Foundation, Postgenomic studies on Treponema pallidum, the syphilis spirochete

NI7351, research and development project

Name: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice

Investor: Ministry of Health of the CR

Citovat

STROUHAL, Michal and David ŠMAJS. Restrikční profil genomů vybraných zástupců rodu Treponema (Genomic restriction profiles of the selected strains of the genus Treponema). Bulletin Československé společnosti mikrobiologické. Praha-Bratislava: ČSSM, 2004, XXXXV, A, p. 275. ISSN 0009-0646.

@article{571711,
   author = {Strouhal, Michal and Šmajs, David},
   article_location = {Praha-Bratislava},
   article_number = {A},
   keywords = {T. pallidum; T. paraluiscuniculi},
   language = {cze},
   issn = {0009-0646},
   journal = {Bulletin Československé společnosti mikrobiologické},
   title = {Restrikční profil genomů vybraných zástupců rodu Treponema},
   volume = {XXXXV},
   year = {2004}
}

TY  - JOUR
ID  - 571711
AU  - Strouhal, Michal - Šmajs, David
PY  - 2004
TI  - Restrikční profil genomů vybraných zástupců rodu Treponema
JF  - Bulletin Československé společnosti mikrobiologické
VL  - XXXXV
IS  - A
SP  - 275
EP  - 275
PB  - ČSSM
SN  - 00090646
KW  - T. pallidum
KW  - T. paraluiscuniculi
N2  - Byl získán restrikční profil 52 oblastí (69 % genomu) u studovaných treponemálních kmenů. U dvou oblastí (TPI8 a TPI48) byla zjištěna delece v genomu T. paraluiscuniculi. Delece v TPI8 je přibližně 200 bp velká a nachází se v nekódující oblasti. Delece v TPI48 je velká přibližně 2,7 kb a zahrnuje 4 geny tprI, tprJ a dva geny kódující oblasti o neznámé funkci. U jedné oblasti (TPI2) byla nalezena inzerce o velikosti přibližně 150 bp v genomu T. paraluiscuniculi. U 16 TPI oblastí byl nalezen odlišný restrikční profil: u 2 oblastí T. pallidum subsp. pertenue Samoan D a u 15 oblastí T. paraluiscuniculi. Rozdílného restrikčního profilu v oblasti TPI80 (jak u kmene Samoan D, tak a u T. paraluiscuniculi) při štěpení Xba I bylo využito k jejich odlišení od ostatních kmenů. U zbývajících oblastí byl nalezen stejný restrikční profil pro jednotlivá štěpení příslušnými restrikčními enzymy. Výsledky naznačují vysokou míru sekvenční homologie mezi vyšetřenými kmeny. Ačkoliv je patogenita studovaných treponemálních kmenů různá, nebyly zjištěny zásadní rozdíly mezi srovnávanými oblastmi genomů. Ukazuje to na možnost, že rozdílná virulence treponemálních kmenů je podmíněna relativně malými odlišnostmi v příslušných genomech. Identifikovaných nukleotidových záměn lze využít při molekulární identifikaci treponemálních kmenů.
ER  -

STROUHAL, Michal and David ŠMAJS. Restrikční profil genomů vybraných zástupců rodu Treponema (Genomic restriction profiles of the selected strains of the genus Treponema). \textit{Bulletin Československé společnosti mikrobiologické}. Praha-Bratislava: ČSSM, 2004, XXXXV, A, p.~275. ISSN~0009-0646.

Detailed Information on Publication Record