D 2005

Analysis of biomedical image data acquired using optical microscopy

KOZUBEK, Michal, Pavel MATULA, Petr MATULA and David SVOBODA

Basic information

Original name

Analysis of biomedical image data acquired using optical microscopy

Name in Czech

Analýza biomedicínských dat pořízených na optickém mikroskopu

Authors

KOZUBEK, Michal (203 Czech Republic, guarantor), Pavel MATULA (203 Czech Republic), Petr MATULA (203 Czech Republic) and David SVOBODA (203 Czech Republic)

Edition

Prague, Czech Republic, Prague Post Genome Technology Workshop, p. 24-27, 4 pp. 2005

Publisher

Czech Pattern Recognition Society

Other information

Language

English

Type of outcome

Stať ve sborníku

Field of Study

20200 2.2 Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

RIV identification code

RIV/00216224:14330/05:00012538

Organization unit

Faculty of Informatics

ISBN

80-01-03239-6

Keywords in English

optical microscope; image analysis; image reconstruction; image registration

Tags

Tags

International impact, Reviewed
Změněno: 7/5/2010 09:11, prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D.

Abstract

ORIG CZ

V originále

Our laboratory specialized in the analysis of biomedical images acquired using optical microscopes (Laboratory of Optical Microscopy - LOM) has been gradually evolving since 1997. It is a highly professional interdisciplinary workplace, where experts in informatics, mathematics, physics, molecular biology, and medicine successfully collaborate. The laboratory is equipped both for the biomedical material preparation for microscopy (especially cell component staining with fluorescent dyes) and for automated optical microscopy. Concerning automated microscopy, it is equipped with Zeiss Axiovert inverted fluorescence microscope with CARV confocal unit, motorized components for the x, y, z stage movement and the optical filter change, a special camera for fluorescence microscopy (Roper Scientific) and a control two-processor computer. A unique device for automated micro-axial tomography, developed in collaboration with colleagues from Heidelberg, is also available. Overnight acquisition and image analysis is possible in automated mode. The equipment described above is unique in the world and patented in the Czech Republic. It allows processing of a considerably higher and statistically more significant amount of cell material than other systems in other laboratories.

In Czech

Laboratoř optické mikroskopie (LOM), která je zaměřená na analýzu biomedicínských dat získaných z optického mikroskopu, se vyvíjí již od roku 1997. Je to prostředí, v němž se setkávají a úzce spolupracují lidé z různých vědních oborů jako informatika, matematika, fyzika, molekulární biologie a lékařství. Laboratoř je vybavena jak pro přípravu biomedicínských vzorků, tak rovněž nabízí možnost automatizovaného snímání. Součástí technického vybavení je také unikátní zařízení pro mikroaxiální tomografii, které bylo vyvinuto ve spolupráci s partnerským pracovištěm v Heidelbergu (Německo). Technické prostředky laboratoře umožňují zpracování výrazně většího množství buněčného materiálu než jiné systémy provozované v jiných laboratořích.

Links

GA202/04/0907, research and development project
Name: Cytometrie s vysokým rozlišením na živých buňkách
Investor: Czech Science Foundation, High-resolution cytometry of living cells
IAA5004306, research and development project
Name: Struktura lidského genomu
Investor: Academy of Sciences of the Czech Republic, Human genome structure
MSM0021622419, plan (intention)
Name: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Highly Parallel and Distributed Computing Systems