Další formáty:
BibTeX
LaTeX
RIS
@inproceedings{576163,
author = {Eyer, Luděk and Zdráhal, Zbyněk and Konečná, Hana and Pantůček, Roman and Růžičková, Vladislava and Preisler, Jan and Hernychová, L. and Doškař, Jiří},
address = {KARTPRINT Bratislava},
booktitle = {Študentská vedecká konferencia},
keywords = {bacteriophages; MALDI-TOF; SDS-PAGE; phage therapy; proteomics; genomics},
language = {cze},
location = {KARTPRINT Bratislava},
isbn = {80-88870-46-1},
pages = {25-25},
publisher = {Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského v Bratislave},
title = {Analýza proteomu polyvalentního fága},
year = {2005}
}
TY - JOUR
ID - 576163
AU - Eyer, Luděk - Zdráhal, Zbyněk - Konečná, Hana - Pantůček, Roman - Růžičková, Vladislava - Preisler, Jan - Hernychová, L. - Doškař, Jiří
PY - 2005
TI - Analýza proteomu polyvalentního fága
PB - Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského v Bratislave
CY - KARTPRINT Bratislava
SN - 8088870461
KW - bacteriophages
KW - MALDI-TOF
KW - SDS-PAGE
KW - phage therapy
KW - proteomics
KW - genomics
N2 - Úvod: Bakteriofág 812 je virulentní a polyvalentní fág z čeledi Myoviridae (obr. 1), který se vyznačuje širokým rozmezím hostitelů zahrnujícím řadu druhů rodu Staphylococcus. Tyto vlastnosti z něj činí vhodného kandidáta pro fágovou terapii stafylokokových infekcí. Genomem fága 812 je lineární dvouřetězcová DNA o velikosti cca 145 kbp. Modul zahrunující strukturní geny vykazuje podobnou organizaci a vysoký stupeň homologie se strukturními moduly stafylokokových fágů K a Twort a s listeriovým fágem A511 (obr. 2). Tato práce byla zaměřena na analýzu proteomu fága 812 a jeho srovnání s příbuznými fágy U16, SK311 a Twort s cílem identifikovat strukturní a lytické proteiny, které mají vztah k jejich odlišnému rozmezí hostitele. Metody: Propagace fága 812 na kmeni S. aureus SA812, purifikace fágových částic v gradientu CsCl, dialýza proti vodě, odstranění fágové DNA pomocí DNázy I, separace fágových proteinů pomocí 1D a 2D SDS-PAGE, barvení gelů pomocí Coomassie Brilliant Blue G-250 nebo stříbra, identifikace proteinů metodou peptidového mapování s využitím MALDI-TOF hmotností spektrometrie a LC MS/MS. Kprohledávání byla použita proteinová databáze vzniklá překladem dostupných úseků DNA fága 812 a proteinová databáze blízce příbuzných fágů K a Twort. Výsledky: Pomocí 1D a 2D SDS-PAGE bylo nalezeno cca 40 proteinů o velikosti ~10 - 150 kDa (obr. 3). Proteinové profily fágů 812, Twort, SK311 a U16 se vzájemně podobají. Byly prokázány rozdíly v molekulové hmotnosti proteinů bičíkové pochvy fágů 812, SK311 a U16, které se významně liší svým rozmezím hostitele (obr. 4). Peptidovým mapováním bylo identifikováno 13 proteinů fága 812 a 3 proteiny fága Twort. Tři z nich byly určeny jako hlavní kapsidový protein (mcp, obr. 5), portálový protein a protein bičíkové pochvy (mtsp). Dalších 8 proteinů lze pravděpodobně zařadit do skupiny strukturních proteinů. Zbývajícím dvěma nalezeným proteinům nebyla tímto způsobem přiřazena žádná funkce (tab. 1 a 2). Všechny tyto proteiny vykazují vysokou sekvenční podobnost s odpovídajícími proteiny polyvalentních stafylokokových fágů K, Twort a také s fágy A511 Listeria monocytogenes a LP65 Lactobacillus plantarum. Protein bičíkové pochvy se vyskytuje ve dvou rozdílných formách lišících se elektroforetickou mobilitou. Frakce s vyšší molekulovou hmotností (~64 kDa) odpovídá kompletnímu proteinu, zatímco frakce s molekulovou hmotností ~35 kDa představuje fragmenty tohoto proteinu o přibližně stejné hmotnosti. Tyto změny ve struktuře proteinu mohou souviset s kontrakcí bičíkové pochvy, jak bylo pozorováno u fága LP65. Závěr: Vtéto práci byl poprvé charakterizován proteom standardního typu bakteriofága 812. Celkem bylo identifikováno 13 proteinů. V jedenácti případech jde pravděpodobně o strukturní proteiny, ve dvou případech není funkce proteinů známa. Byla vysvětlena neobvyklá migrace hlavního bičíkového proteinu. Rozdíly v rozmezí hostitele příbuzných polyvalentních fágů mohou být podmíněny změnami ve struktuře bičíkových proteinů.
ER -
EYER, Luděk, Zbyněk ZDRÁHAL, Hana KONEČNÁ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ, Jan PREISLER, L. HERNYCHOVÁ a Jiří DOŠKAŘ. Analýza proteomu polyvalentního fága. In \textit{Študentská vedecká konferencia}. KARTPRINT Bratislava: Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského v Bratislave, 2005, s.~25. ISBN~80-88870-46-1.
|
