Analýza proteomu polyvalentního fága

D 2005

Analýza proteomu polyvalentního fága

EYER, Luděk, Zbyněk ZDRÁHAL, Hana KONEČNÁ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ et. al.

Basic information

Original name

Analýza proteomu polyvalentního fága

Name (in English)

Analysis of staphylococcal polyvelent phage proteome

Authors

EYER, Luděk (203 Czech Republic), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Czech Republic), Hana KONEČNÁ (203 Czech Republic), Roman PANTŮČEK (203 Czech Republic), Vladislava RŮŽIČKOVÁ (203 Czech Republic), Jan PREISLER (203 Czech Republic), L. HERNYCHOVÁ (203 Czech Republic) and Jiří DOŠKAŘ (203 Czech Republic, guarantor)

Edition

KARTPRINT Bratislava, Študentská vedecká konferencia, p. 25-25, 2005

Publisher

Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského v Bratislave

Other information

Language

Czech

Type of outcome

Stať ve sborníku

Field of Study

Genetics and molecular biology

Country of publisher

Slovakia

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

RIV identification code

RIV/00216224:14310/05:00012633

Organization unit

Faculty of Science

ISBN

80-88870-46-1

Keywords in English

bacteriophages; MALDI-TOF; SDS-PAGE; phage therapy; proteomics; genomics

Abstract

ORIG EN

V originále

Úvod: Bakteriofág 812 je virulentní a polyvalentní fág z čeledi Myoviridae (obr. 1), který se vyznačuje širokým rozmezím hostitelů zahrnujícím řadu druhů rodu Staphylococcus. Tyto vlastnosti z něj činí vhodného kandidáta pro fágovou terapii stafylokokových infekcí. Genomem fága 812 je lineární dvouřetězcová DNA o velikosti cca 145 kbp. Modul zahrunující strukturní geny vykazuje podobnou organizaci a vysoký stupeň homologie se strukturními moduly stafylokokových fágů K a Twort a s listeriovým fágem A511 (obr. 2). Tato práce byla zaměřena na analýzu proteomu fága 812 a jeho srovnání s příbuznými fágy U16, SK311 a Twort s cílem identifikovat strukturní a lytické proteiny, které mají vztah k jejich odlišnému rozmezí hostitele. Metody: Propagace fága 812 na kmeni S. aureus SA812, purifikace fágových částic v gradientu CsCl, dialýza proti vodě, odstranění fágové DNA pomocí DNázy I, separace fágových proteinů pomocí 1D a 2D SDS-PAGE, barvení gelů pomocí Coomassie Brilliant Blue G-250 nebo stříbra, identifikace proteinů metodou peptidového mapování s využitím MALDI-TOF hmotností spektrometrie a LC MS/MS. Kprohledávání byla použita proteinová databáze vzniklá překladem dostupných úseků DNA fága 812 a proteinová databáze blízce příbuzných fágů K a Twort. Výsledky: Pomocí 1D a 2D SDS-PAGE bylo nalezeno cca 40 proteinů o velikosti ~10 - 150 kDa (obr. 3). Proteinové profily fágů 812, Twort, SK311 a U16 se vzájemně podobají. Byly prokázány rozdíly v molekulové hmotnosti proteinů bičíkové pochvy fágů 812, SK311 a U16, které se významně liší svým rozmezím hostitele (obr. 4). Peptidovým mapováním bylo identifikováno 13 proteinů fága 812 a 3 proteiny fága Twort. Tři z nich byly určeny jako hlavní kapsidový protein (mcp, obr. 5), portálový protein a protein bičíkové pochvy (mtsp). Dalších 8 proteinů lze pravděpodobně zařadit do skupiny strukturních proteinů. Zbývajícím dvěma nalezeným proteinům nebyla tímto způsobem přiřazena žádná funkce (tab. 1 a 2). Všechny tyto proteiny vykazují vysokou sekvenční podobnost s odpovídajícími proteiny polyvalentních stafylokokových fágů K, Twort a také s fágy A511 Listeria monocytogenes a LP65 Lactobacillus plantarum. Protein bičíkové pochvy se vyskytuje ve dvou rozdílných formách lišících se elektroforetickou mobilitou. Frakce s vyšší molekulovou hmotností (~64 kDa) odpovídá kompletnímu proteinu, zatímco frakce s molekulovou hmotností ~35 kDa představuje fragmenty tohoto proteinu o přibližně stejné hmotnosti. Tyto změny ve struktuře proteinu mohou souviset s kontrakcí bičíkové pochvy, jak bylo pozorováno u fága LP65. Závěr: Vtéto práci byl poprvé charakterizován proteom standardního typu bakteriofága 812. Celkem bylo identifikováno 13 proteinů. V jedenácti případech jde pravděpodobně o strukturní proteiny, ve dvou případech není funkce proteinů známa. Byla vysvětlena neobvyklá migrace hlavního bičíkového proteinu. Rozdíly v rozmezí hostitele příbuzných polyvalentních fágů mohou být podmíněny změnami ve struktuře bičíkových proteinů.

In English

neuvedeno

Links

GA203/03/0515, research and development project

Name: Integrovaná analýza genomu a proteomu terapeuticky významných bakteriofágů kombinací elektroforézy a hmotnostní spektrometrie

Investor: Czech Science Foundation, Integrated genome and proteome analysis of therapeutically important bacteriophages by combination of electrophoresis and mass spectrometry

MSM0021622415, plan (intention)

Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations

Citovat

EYER, Luděk, Zbyněk ZDRÁHAL, Hana KONEČNÁ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ, Jan PREISLER, L. HERNYCHOVÁ and Jiří DOŠKAŘ. Analýza proteomu polyvalentního fága (Analysis of staphylococcal polyvelent phage proteome). In Študentská vedecká konferencia. KARTPRINT Bratislava: Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského v Bratislave, 2005, p. 25. ISBN 80-88870-46-1.

@inproceedings{576163,
   author = {Eyer, Luděk and Zdráhal, Zbyněk and Konečná, Hana and Pantůček, Roman and Růžičková, Vladislava and Preisler, Jan and Hernychová, L. and Doškař, Jiří},
   address = {KARTPRINT Bratislava},
   booktitle = {Študentská vedecká konferencia},
   keywords = {bacteriophages; MALDI-TOF; SDS-PAGE; phage therapy; proteomics; genomics},
   language = {cze},
   location = {KARTPRINT Bratislava},
   isbn = {80-88870-46-1},
   pages = {25-25},
   publisher = {Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského v Bratislave},
   title = {Analýza proteomu polyvalentního fága},
   year = {2005}
}

TY  - JOUR
ID  - 576163
AU  - Eyer, Luděk - Zdráhal, Zbyněk - Konečná, Hana - Pantůček, Roman - Růžičková, Vladislava - Preisler, Jan - Hernychová, L. - Doškař, Jiří
PY  - 2005
TI  - Analýza proteomu polyvalentního fága
PB  - Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského v Bratislave
CY  - KARTPRINT Bratislava
SN  - 8088870461
KW  - bacteriophages
KW  - MALDI-TOF
KW  - SDS-PAGE
KW  - phage therapy
KW  - proteomics
KW  - genomics
N2  - Úvod: Bakteriofág 812 je virulentní a polyvalentní fág z čeledi Myoviridae (obr. 1), který se vyznačuje širokým rozmezím hostitelů zahrnujícím řadu druhů rodu Staphylococcus. Tyto vlastnosti z něj činí vhodného kandidáta pro fágovou terapii stafylokokových infekcí. Genomem fága 812 je lineární dvouřetězcová DNA o velikosti cca 145 kbp. Modul zahrunující strukturní geny vykazuje podobnou organizaci a vysoký stupeň homologie se strukturními moduly stafylokokových fágů K a Twort a s listeriovým fágem A511 (obr. 2). Tato práce byla zaměřena na analýzu proteomu fága 812 a jeho srovnání s příbuznými fágy U16, SK311 a Twort s cílem identifikovat strukturní a lytické proteiny, které mají vztah k jejich odlišnému rozmezí hostitele. Metody: Propagace fága 812 na kmeni S. aureus SA812, purifikace fágových částic v gradientu CsCl, dialýza proti vodě, odstranění fágové DNA pomocí DNázy I, separace fágových proteinů pomocí 1D a 2D SDS-PAGE, barvení gelů pomocí Coomassie Brilliant Blue G-250 nebo stříbra, identifikace proteinů metodou peptidového mapování s využitím MALDI-TOF hmotností spektrometrie a LC MS/MS. Kprohledávání byla použita proteinová databáze vzniklá překladem dostupných úseků DNA fága 812 a proteinová databáze blízce příbuzných fágů K a Twort. Výsledky: Pomocí 1D a 2D SDS-PAGE bylo nalezeno cca 40 proteinů o velikosti ~10 - 150 kDa (obr. 3). Proteinové profily fágů 812, Twort, SK311 a U16 se vzájemně podobají. Byly prokázány rozdíly v molekulové hmotnosti proteinů bičíkové pochvy fágů 812, SK311 a U16, které se významně liší svým rozmezím hostitele (obr. 4). Peptidovým mapováním bylo identifikováno 13 proteinů fága 812 a 3 proteiny fága Twort. Tři z nich byly určeny jako hlavní kapsidový protein (mcp, obr. 5), portálový protein a protein bičíkové pochvy (mtsp). Dalších 8 proteinů lze pravděpodobně zařadit do skupiny strukturních proteinů. Zbývajícím dvěma nalezeným proteinům nebyla tímto způsobem přiřazena žádná funkce (tab. 1 a 2). Všechny tyto proteiny vykazují vysokou sekvenční podobnost s odpovídajícími proteiny polyvalentních stafylokokových fágů K, Twort a také s fágy A511 Listeria monocytogenes a LP65 Lactobacillus plantarum. Protein bičíkové pochvy se vyskytuje ve dvou rozdílných formách lišících se elektroforetickou mobilitou. Frakce s vyšší molekulovou hmotností (~64 kDa) odpovídá kompletnímu proteinu, zatímco frakce s molekulovou hmotností ~35 kDa představuje fragmenty tohoto proteinu o přibližně stejné hmotnosti. Tyto změny ve struktuře proteinu mohou souviset s kontrakcí bičíkové pochvy, jak bylo pozorováno u fága LP65. Závěr: Vtéto práci byl poprvé charakterizován proteom standardního typu bakteriofága 812. Celkem bylo identifikováno 13 proteinů. V jedenácti případech jde pravděpodobně o strukturní proteiny, ve dvou případech není funkce proteinů známa. Byla vysvětlena neobvyklá migrace hlavního bičíkového proteinu. Rozdíly v rozmezí hostitele příbuzných polyvalentních fágů mohou být podmíněny změnami ve struktuře bičíkových proteinů.
ER  -

EYER, Luděk, Zbyněk ZDRÁHAL, Hana KONEČNÁ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ, Jan PREISLER, L. HERNYCHOVÁ and Jiří DOŠKAŘ. Analýza proteomu polyvalentního fága (Analysis of staphylococcal polyvelent phage proteome). In \textit{Študentská vedecká konferencia}. KARTPRINT Bratislava: Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského v Bratislave, 2005, p.~25. ISBN~80-88870-46-1.

Detailed Information on Publication Record