Evaluation of amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) and species-specific PCR for identification of Bifidobacterium species

KŘÍŽOVÁ, Jana, Alena ŠPANOVÁ and Bohuslav RITTICH. Evaluation of amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) and species-specific PCR for identification of Bifidobacterium species. Systematic and Applied Microbiology. 2006, vol. 29, No 1, p. 36-44. ISSN 0723-2020.

Basic information

• Original name: Evaluation of amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) and species-specific PCR for identification of Bifidobacterium species
• Name in Czech: Zavedení restrikční analýzy amplifikované robozomální 16SrDNA (ARDRA) a druhově specifické PCR pro identifikaci druhů rodu Bifidobacterium
• Authors: KŘÍŽOVÁ, Jana (203 Czech Republic), Alena ŠPANOVÁ (203 Czech Republic) and Bohuslav RITTICH (203 Czech Republic, guarantor).
• Edition: Systematic and Applied Microbiology, 2006, 0723-2020.

Other information

• Original language: English
• Type of outcome: Article in a journal
• Field of Study: 10600 1.6 Biological sciences
• Country of publisher: Germany
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• Impact factor: Impact factor: 2.037
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/06:00016570
• Organization unit: Faculty of Science
• UT WoS: 000235393900006
• Keywords in English: Bifidobacterium spp.; identification; PCR; ARDRA
• Tags: ARDRA, Bifidobacterium spp., identification, PCR
• Tags: International impact, Reviewed

Abstract

Molecular biological methods based on genus and species specific PCR and restriction analysis of two PCR amplicons using six restriction enzymes were used to differentiate among species of Bifidobacterium. Optimalised methods were applied for identification of strains collected in Culture Collection of Dairy Microorganisms. Restriction analysis of longer PCR amplicon was the most discriminative for Bifidobacterium species differentiation. Practicaly observed restriction profiles were compared and confirmed with the theoretical restriction analysis of Bifidobacterium sequences obtained from GenBank database.

Abstract (in Czech)

Molekulárně-biologické metody (rodově, druhově specifické PCR a restrikční analýza dvou PCR produktů pomocí šesti restrikčních enzymů) byly použity pro diferenciaci druhů rodu Bifidobacterium.Tyto metody byly následně aplikovány pro identifikaci CCDM kultur. Restrikční analýza delšího amplikonu vykazovala největší diskriminační potenciál a umožnila odlišení mezi příbuznými druhy. Správnost praktické restrikční analýzy byla ověřena teoretickou restrikční analýzou sekvencí získaných z databáze GenBank.

Links

• MSM0021622415, plan (intention): Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations

• QF3169, research and development project: Name: Využití postupů na bázi molekulární genetiky při získávání nových kmenů baktérií s probiotickými vlastnostmi s cílem rozšíření specifických genetických zdrojů pro výrobu funkčních potravin

Investor: Ministry of Agriculture of the CR, The use of procedures on basis of molecular genetics in acquiring of new bacterial strains with probiotic properties with the aim to increase specific genetic sources for production of functional foods

• 1G46045, research and development project: Name: Molekulárně biologická analýza tuzemského fondu produkčních kmenů baktérií mléčného kvašení.

Investor: Ministry of Agriculture of the CR, Introduction of new traits for quality and stability improving in variety production of selcted leguminous species by hybridization methods