J 2006

Evaluation of amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) and species-specific PCR for identification of Bifidobacterium species

KŘÍŽOVÁ, Jana, Alena ŠPANOVÁ and Bohuslav RITTICH

Basic information

Original name

Evaluation of amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) and species-specific PCR for identification of Bifidobacterium species

Name in Czech

Zavedení restrikční analýzy amplifikované robozomální 16SrDNA (ARDRA) a druhově specifické PCR pro identifikaci druhů rodu Bifidobacterium

Authors

KŘÍŽOVÁ, Jana (203 Czech Republic), Alena ŠPANOVÁ (203 Czech Republic) and Bohuslav RITTICH (203 Czech Republic, guarantor)

Edition

Systematic and Applied Microbiology, 2006, 0723-2020

Other information

Language

English

Type of outcome

Článek v odborném periodiku

Field of Study

10600 1.6 Biological sciences

Country of publisher

Germany

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impact factor

Impact factor: 2.037

RIV identification code

RIV/00216224:14310/06:00016570

Organization unit

Faculty of Science

UT WoS

000235393900006

Keywords in English

Bifidobacterium spp.; identification; PCR; ARDRA

Tags

Tags

International impact, Reviewed
Změněno: 8/12/2006 08:54, doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.

Abstract

ORIG CZ

V originále

Molecular biological methods based on genus and species specific PCR and restriction analysis of two PCR amplicons using six restriction enzymes were used to differentiate among species of Bifidobacterium. Optimalised methods were applied for identification of strains collected in Culture Collection of Dairy Microorganisms. Restriction analysis of longer PCR amplicon was the most discriminative for Bifidobacterium species differentiation. Practicaly observed restriction profiles were compared and confirmed with the theoretical restriction analysis of Bifidobacterium sequences obtained from GenBank database.

In Czech

Molekulárně-biologické metody (rodově, druhově specifické PCR a restrikční analýza dvou PCR produktů pomocí šesti restrikčních enzymů) byly použity pro diferenciaci druhů rodu Bifidobacterium.Tyto metody byly následně aplikovány pro identifikaci CCDM kultur. Restrikční analýza delšího amplikonu vykazovala největší diskriminační potenciál a umožnila odlišení mezi příbuznými druhy. Správnost praktické restrikční analýzy byla ověřena teoretickou restrikční analýzou sekvencí získaných z databáze GenBank.

Links

MSM0021622415, plan (intention)
Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations
QF3169, research and development project
Name: Využití postupů na bázi molekulární genetiky při získávání nových kmenů baktérií s probiotickými vlastnostmi s cílem rozšíření specifických genetických zdrojů pro výrobu funkčních potravin
Investor: Ministry of Agriculture of the CR, The use of procedures on basis of molecular genetics in acquiring of new bacterial strains with probiotic properties with the aim to increase specific genetic sources for production of functional foods
1G46045, research and development project
Name: Molekulárně biologická analýza tuzemského fondu produkčních kmenů baktérií mléčného kvašení.
Investor: Ministry of Agriculture of the CR, Introduction of new traits for quality and stability improving in variety production of selcted leguminous species by hybridization methods