Technika microarrays je v dnešnej dobe jednou z najperspektívnejších metód využívaných pre analýzu genómu. Microarray technológia dovoľuje súčasnú analýzu tisícov parametrov v rámci jedného experimentu. Na základe predmetu skúmania sa dajú microarrays zjednodušene rozdeliť na: 1. CGH microarrays - pomocou microarray technológie sa odhaľujú zmeny v počte kópií génov alebo chromozómov (tzv. copy number changes), teda sa analyzuje priamo DNA. Základnou technikou je Komparatívna genómová hybridizácia (CGH). 2. Expresné microarrays - sleduje sa úroveň expresie jednotlivých génov na úrovni mRNA. 3. Proteínové microarrays jedno z najnovších využití microarray technológie, sledujú sa zmeny na úrovni proteínov. Analýza proteínových microarrays je odlišná technológiou i následnou analýzou. Na základe toho aký cieľ sme experimentu vytýčili sa stanovuje jeho celkový design. Do celkového designu experimentu patrí ako odhad počtu potrebných microarray čipov a pacientov tak aj výber vhodného microarray designu (loop, referenčný, balancovaný).