a 2005

Indirect quantification of protein modification degree

HAVLIŠ, Jan, Ondrej ŠEDO and Zbyněk ZDRÁHAL

Basic information

Original name

Indirect quantification of protein modification degree

Name in Czech

Nepřímé stanovení rozsahu modifikace proteinu

Authors

HAVLIŠ, Jan (203 Czech Republic, guarantor), Ondrej ŠEDO (203 Czech Republic) and Zbyněk ZDRÁHAL (203 Czech Republic)

Edition

Book of abstracts 2nd Czech Proteomic Conference, 2005

Other information

Language

English

Type of outcome

Konferenční abstrakt

Field of Study

10600 1.6 Biological sciences

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

RIV identification code

RIV/00216224:14310/05:00014091

Organization unit

Faculty of Science

Keywords in English

protein modification degree; post-translation modification; mass spectrometry

Tags

Změněno: 9/4/2010 14:57, doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.

Abstract

ORIG CZ

V originále

In our work, we present a general, indirect method, using which it is possible to quantify the percentage of the given amino acid modified in total in a protein sequence (protein modification degree, PMD). From the knowledge of the identity of amino acid residues modifiable during post-translation process, PMD and its changes during time of particular amino acid residue can be determined. Such a quantification can be achieved by means of easy stable isotope modification (via 18O-labelling by trypsination) and consequential MALDI TOF MS analysis.

In Czech

Tato práce prezentuje obecnou, nepřímou metodu, pomocí níž je možné stanovit rozsah celkové modifikace dané aminokyseliny proteinu (protein modification degree, PMD). Známe-li identitu aminokyseliny modifikovatelné posttranslační modifikací, PMD a její změny ve vztahu k těmto aminokyselin mohou být takto stanoveny. Toto stanovení je dosaženo snadným značením stabilními izotopy (značení 18O v průběhu stěpení trypsinem) a následnou MALDI TOF MS analýzou.

Links

MSM0021622413, plan (intention)
Name: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Proteins in metabolism and interaction of organisms with the environment
MSM0021622415, plan (intention)
Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations