Community-level physiological profiles of soil bacteria - statistical analysis

ŠVIHÁLEK, Jiří, Jakub HOFMAN, Klára KUBOŠOVÁ and Ladislav DUŠEK. Community-level physiological profiles of soil bacteria - statistical analysis. In ECOTOX 2005 "Advances and Trends in Ecotoxicology" BOOK OF ABSTRACTS. 2005. ISBN 80-210-3799-7.

Basic information

• Original name: Community-level physiological profiles of soil bacteria - statistical analysis
• Name in Czech: Stanovení funkční diverzity půdních mikroorganismů - statistcká analýza
• Authors: ŠVIHÁLEK, Jiří (203 Czech Republic), Jakub HOFMAN (203 Czech Republic, guarantor), Klára KUBOŠOVÁ (203 Czech Republic) and Ladislav DUŠEK (203 Czech Republic).
• Edition: ECOTOX 2005 "Advances and Trends in Ecotoxicology" BOOK OF ABSTRACTS, 2005.

Other information

• Original language: English
• Type of outcome: Conference abstract
• Field of Study: 10511 Environmental sciences
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/05:00014600
• Organization unit: Faculty of Science
• ISBN: 80-210-3799-7
• Keywords in English: CLPP; Soil bacteria; PCA
• Tags: CLPP, PCA, Soil bacteria
• Tags: International impact

Abstract

The aim of this work was to suggest analytical approaches for assessment of community-level physiological profiles (CLPP) of soil microorganisms determined by BIOLOG method. For demonstration of analytical approaches 4 soils with known biology and physical-chemistry properties were used. Shannon-Weaver diversity index , evenness, principal component analysis and cluster analysis were used to assess CLPP. Evaluting parameters were trapezoid areas under the curve (TA) and values of absorbance after 48 and 72 hours of incubation. As the result T-TA was choosen as the most sensitive parameter for CLPP assessment. The distribution of soils evaluted by T-TA corresponded with their biology and physical-chemistry properties. Interpretation of CLPP data requires information from all of analytical methods used. This would be a manual for rutine evaluating of CLPP.

Abstract (in Czech)

Cílem této práce je navrhnout postup pro hodnocení fyziologického profilu společenstva půdních mikroorganismů (CLPP) stanoveného metodou BIOLOG. Pro hodnocení byl použit Shannon-Weaverův index diverzity, evenness, analýza hlavních komponent a shluková analýza. Tyto metody jsou v literatuře používány nejčastěji. Pro hodnocení byly zvoleny 3 parametry: plocha pod křivkou (TA) a hodnoty absorbance ve 48. a 72. hodině inkubace. Celý postup hodnocení dat včetně standardizace hustoty inokula byl demonstrován na hodnocení 4 reálných půd, u kterých byly známy biologické a fyzikálně-chemické vlastnosti. Nejcitlivějším parametrem pro hodnocení se v této práci ukázal parametr TA spočítaný ze standardizovaných dat (T-TA). Hodnocením CLPP pomocí všech zkoumaných metod a propojením jejich výsledků v jeden celek došlo k rozdělení 4 zkoumaných půd. Toto rozdělení odpovídalo rozdělení půd podle biologických a fyzikálně-chemických vlastností. Na základě všech těchto znalostí byly diskutovány příčiny rozdělení půd dle CLPP. Funkční diverzita stanovená metodou BIOLOG (dle nejcitlivějšího parametru T-TA) dává dobrou informaci o stavu půdních mikroorganismů. Je ale třeba dále konfrontovat výsledky s ostatními mikrobiálními parametry a vlastnostmi půdy pro získání komplexního pohledu na zkoumanou lokalitu.

Links

• MSM0021622412, plan (intention): Name: Interakce mezi chemickými látkami, prostředím a biologickými systémy a jejich důsledky na globální, regionální a lokální úrovni (INCHEMBIOL) (Acronym: INCHEMBIOL)

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Interactions among the chemicals, environment and biological systems and their consequences on the global, regional and local scales (INCHEMBIOL)