Studium genové exprese u T. pallidum.

MATĚJKOVÁ, Petra, David ŠMAJS, S.J. NORRIS and G.M. WEINSTOCK. Studium genové exprese u T. pallidum. (Gene expression profiling in T. pallidum). In Sborník příspěvků IX. Pracovního setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2005th ed. Brno: Přírodovědecká fakulta MU, 2005, p. 11. ISBN 80-210-3635-4.

Basic information

Original name

Studium genové exprese u T. pallidum.

Name (in English)

Gene expression profiling in T. pallidum

Authors

MATĚJKOVÁ, Petra, David ŠMAJS, S.J. NORRIS and G.M. WEINSTOCK

Edition

2005. vyd. Brno, Sborník příspěvků IX. Pracovního setkání biochemiků a molekulárních biologů, p. 11-11, 2005

Publisher

Přírodovědecká fakulta MU

---

Other information

Language

Czech

Type of outcome

Stať ve sborníku

Field of Study

Genetics and molecular biology

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

Organization unit

Faculty of Medicine

ISBN

80-210-3635-4

Keywords in English

Treponema pallidum subsp. pallidum; gene expression profiling; BAC clones

Tags

BAC clones, gene expression profiling, Treponema pallidum subsp. pallidum

---

Abstract

V originále

Spirocheta Treponema pallidum subsp. pallidum je původcem venerické syfilis, vysoce invazivního onemocnění postihujícího v pozdním stadiu systémově celý organismus. Nemožnost kontinuální kultivace v in vitro podmínkách vyžaduje užití genomických přístupů pro výzkum tohoto neobvyklého patogenu. Byla připravena BAC knihovna chromozomální DNA T. pallidum v E. coli. 19 klonů této knihovny představuje minimální set obsahující 99,8 % předpovězených genů (ORF). Byla stanovena exprese genů T. pallidum v E. coli. Expresní profil genů v BAC knihovně představuje první krok pro studium regulace genové exprese genů T. pallidum. 5 treponemálních genů kódujících proteiny s domnělou regulační funkcí bylo naklonováno do expresních vektorů pBAD kompatibilních s replikačním systémem BAC. V expresním vektoru pBAD jsou tyto geny pod kontrolou arabinózového promotoru, který umožňuje regulovat jejich expresi pomocí hladiny arabinózy v kultivačním mediu. Tyto vektory byly transformovány do minimální sady BAC knihovny. Celková RNA celé sady transformované vektorem s domnělým transkripčním regulátorem byla porovnána s relevantní kontrolou s vektorem bez inzertu metodami DNA microarray hybridizace na čipu T. pallidum a kvantitativní PCR. Byly vyšetřeny geny rpoN, fhlA, hisK, soj a troR. Proteiny RpoN, FhlA a HisK byly potvrzeny jako pozitivní regulátory a produkt genu soj jako negativní regulátor. U genu troR nebyla potvrzena jeho negativní regulační funkce. Byla také vyšetřena RNA izolovaná z časově omezené kultivace treponem na tkáňových kulturách králičích epiteliálních buněk a z experimentálních lézí na králičí kůži. RNA z takto získaných organismů byla podrobena expresní analýze metodou kvantitativní PCR a výsledky byly porovnány s expresním profilem treponem izolovaných z králičích testes.

In English

Five treponemal genes with putative regulatory functions were cloned and expressed in the BAC library of T. pallidum DNA in the E. coli. Total RNA was isolated from the individual clones of the library and was compared to the control RNA. The regulatory function was identified for RpoN, FhlA and HisK proteins.

---

Links

GA310/04/0021, research and development project	Name: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum Investor: Czech Science Foundation, Postgenomic studies on Treponema pallidum, the syphilis spirochete
MSM0021622415, plan (intention)	Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations
NI7351, research and development project	Name: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice Investor: Ministry of Health of the CR