V originále
V této práci jsme se soustředili na kompletní restrikční mapování genomů pěti příbuzných treponemálních kmenů zahrnující T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14, T. pallidum subsp. pertenue Samoan D, T. pallidum subsp. pertenue Gauthier a T. paraluiscuniculi metodou DNA fingerprintingu. Lze předpokládat, že různá míra invazivity a patogenity těchto spirochet se bude odrážet v rozdílech jejich genomů. Genom T. pallidum subsp. pallidum Nichols byl rozdělen do 87 překrývajících se oblastí (TPI intervaly) a pro každou oblast byla navržena kombinace příslušných primerů. Každý z těchto intervalů byl amplifikován u všech studovaných kmenů pomocí XL PCR a PCR produkty byly štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I, Hind III nebo jejich kombinacemi. Takto získaný restrikční profil byl použit k determinaci heterologních úseků DNA jednotlivých treponemálních kmenů. Odlišná cílová restrikční místa byla u T. paraluiscuniculi nalezena na 34 místech (16 pro BamH I, 5 pro EcoR I a 13 pro Hind III), z toho 21 nově vzniklých restrikčních míst a 13 zaniklých; u kmene Samoan D bylo nalezeno 8 odlišných cílových restrikčních míst (1 pro BamH I, 2 pro EcoR I a 5 pro Hind III), z toho 5 nově vzniklých a 3 zaniklá. U kmenů Gauthier a SS14 bylo nalezeno 1 místo s odlišným restrikčním profilem pro Hind III. U T. paraluiscuniculi bylo nalezeno sedm delecí v oblastech TPI8, TPI12, TPI13, TPI34, TPI41, TPI48 a TPI66 a 3 inzerce u TPI2, TPI32B a TPI78. U kmenů Samoan D, Gauthier a SS14 byly nalezeny dvě delece v oblastech TPI13 a TPI34 a jedna inzerce v oblasti TPI12; u kmene Samoan D byla navíc nalezena delece v oblasti TPI78. Delece v TPI12 o velikosti 1,8 kb zahrnuje geny o neznáme funkci a nachází se v oblasti genu tprD (TP0131). Delece v TPI48 je velká 1,7 kb a zahrnuje geny tprI (TP0620), tprJ (TP0621) a geny kódující proteiny o neznámé funkci (TP0617 - TP0619). Delece v TPI77 u kmene Samoan D je přibližně 350 bp velká a nachází se v oblasti genu tprL (TP1031). Inzerce v oblasti TPI12 je velká přibližně 1300 bp a nachází se v oblasti genů TP0126 - TP0130; u T. paraluiscuniculi jsou inzerce velké přibližně 150 bp a nebyly zatím charakterizovány. Výsledky naznačují vysokou míru sekvenční homologie mezi vyšetřenými kmeny. Ačkoliv je patogenita studovaných kmenů různá, nebyly zjištěny zásadní rozdíly mezi srovnávanými oblastmi genomů. Ukazuje to na možnost, že rozdílná virulence treponemálních kmenů je podmíněna relativně malými odlišnostmi v příslušných genomech. Identifikované nukleotidové záměny (jež jsou podstatou odlišností v cílových restrikčních místech) lze využít při molekulární identifikaci treponemálních kmenů.
In English
Genomes of closely related treponemes, Treponema pallidum ssp. pallidum (strains Nichols and SS14) and Treponema pallidum ssp. pertenue (Gauthier, Samoan D) were compared with the genome of Treponema paraluiscuniculi using genomic techniques. Whole genome fingerprinting was used to study treponemal genomes. PCR-amplified regions of genomic DNA were digested with BamH I, EcoR I, Hind III, or their combinations. PCR amplification and subsequent restriction analysis of the complete genomes of the strains Nichols, SS14 and Gauthier revealed 1 absent restriction site in SS14 and Gauthier. When compared to Nichols genome, 8 and 34 differences in the target restriction sites and 1 and 8 detectable deletions/insertions were found in the genome of Samoan D and T. paraluiscuniculi, respectively.