Genomová amplifikace a restrikční mapování patogenních spirochet rodu Treponema.

STROUHAL, Michal and David ŠMAJS. Genomová amplifikace a restrikční mapování patogenních spirochet rodu Treponema. (Genomic amolifications and restriction mapping of pathogenic spirochetes of the genus Treponema.). In Abstrakta 49. Studentské vědecké konference. 2005.

Basic information

• Original name: Genomová amplifikace a restrikční mapování patogenních spirochet rodu Treponema.
• Name (in English): Genomic amolifications and restriction mapping of pathogenic spirochetes of the genus Treponema.
• Authors: STROUHAL, Michal (203 Czech Republic) and David ŠMAJS (203 Czech Republic, guarantor).
• Edition: Abstrakta 49. Studentské vědecké konference, 2005.

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Conference abstract
• Field of Study: Genetics and molecular biology
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14110/05:00013193
• Organization unit: Faculty of Medicine
• Keywords in English: Treponema pallidum ssp. pallidum; Treponema pallidum ssp. pertenue; Treponema paraluiscuniculi
• Tags: Treponema pallidum ssp. pallidum, Treponema pallidum ssp. pertenue, Treponema paraluiscuniculi

Abstract

Cíl: Stanovit rozdíly mezi genomy čtyř příbuzných treponemálních kmenů zahrnující T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14, T. pallidum subsp. pertenue Samoan D a T. paraluiscuniculi metodou DNA fingerprintingu. Materiál a metody: Genomy studovaných kmenů byly rozděleny do 94 vzájemně se překrývajících oblastí. Každá z těchto oblastí byla pomocí XL PCR amplifikována a získané PCR produkty byly štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III. Byla zjištěna vysoká míra sekvenční homologie mezi vyšetřenými kmeny. Ukazuje to na možnost, že rozdílná virulence treponemálních kmenů je podmíněna relativně malými odlišnostmi v příslušných genomech. Tyto odlišnosti jsou soustředěny zejména ve skupině genů tpr, 12-ti genech specifických pro T. pallidum o zatím neznámé funkci. Identifikovaných nukleotidových záměn lze využít při molekulární identifikaci treponemálních kmenů.

Abstract (in English)

Genomes of closely related treponemes, Treponema pallidum ssp. pallidum (strains Nichols and SS14) and Treponema pallidum ssp. pertenue (Gauthier, Samoan D) were compared with the genome of Treponema paraluiscuniculi using genomic techniques. Whole genome fingerprinting was used to study treponemal genomes. PCR-amplified regions of genomic DNA were digested with BamH I, EcoR I, Hind III, or their combinations. PCR amplification and subsequent restriction analysis of the complete genomes of the strains Nichols, SS14 and Gauthier revealed 1 absent restriction site in SS14 and Gauthier. When compared to Nichols genome, 8 and 34 differences in the target restriction sites and 1 and 8 detectable deletions/insertions were found in the genome of Samoan D and T. paraluiscuniculi, respectively.

Links

• GA310/04/0021, research and development project: Name: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

Investor: Czech Science Foundation, Postgenomic studies on Treponema pallidum, the syphilis spirochete

• MSM0021622415, plan (intention): Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations