Genomová hybridizace kmenů T. pallidum Nichols a SS14 na oligonukleotidovém čipu

MATĚJKOVÁ, Petra a David ŠMAJS. Genomová hybridizace kmenů T. pallidum Nichols a SS14 na oligonukleotidovém čipu. Online. In Sborník abstraktů XIV. Tomáškových dnů 2005. 2005, [citováno 2024-04-23]

Základní údaje

• Originální název: Genomová hybridizace kmenů T. pallidum Nichols a SS14 na oligonukleotidovém čipu
• Název anglicky: Genome hybridizations of T. pallidum strains Nichols and SS14 on the oligonucleotide array
• Autoři: MATĚJKOVÁ, Petra (203 Česká republika) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant)
• Vydání: Sborník abstraktů XIV. Tomáškových dnů 2005, 2005.

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14110/05:00013198
• Organizační jednotka: Lékařská fakulta
• Klíčová slova anglicky: Treponema pallidum ssp. pallidum; Nichols; SS14
• Štítky: Nichols, SS14, Treponema pallidum ssp. pallidum

Anotace

Spirocheta Treponema pallidum subsp. pallidum je původcem venerické syfilis, vysoce invazivního onemocnění postihujícího v pozdním stadiu systémově celý organismus. Malá velikost genomu (1,14 Mb) tohoto patogenu koreluje s jeho obligátní závislostí na hostiteli. Jednotlivé kmeny a izoláty nelze od sebe běžně užívanými serologickými testy odlišit. Jisté typizace bylo dosaženo na úrovni detekce DNA, zejména sekvencí tpr genů. Naším cílem bylo sekvenovat genom Treponema pallidum subsp. pallidum SS14 a získanou kompletní genomovou sekvenci srovnat s genomovou sekvencí kmene Nichols a použít výsledky pro definování vnitrodruhové variability genomu T. pallidum subsp. pallidum.Výsledné sekvence ukázaly shluky SNP a krátké delece a inzerce. Celkem bylo v genomu kmene SS14 nalezeno 329 SNP, 7 delecí a 4 inzerce.

Anotace anglicky

The genome of Treponema pallidum ssp. pallidum strain SS14, the causative agent of syphilis, was sequenced using oligonucleotide arrays. The sequences of more than 49 kb of the SS14 genome were verified by capillary sequencing approach. When compared to T. pallidum ssp. pallidum strain Nichols, the genome of SS14 contained 329 single nucleotide changes (219 transitions and 104 transversions), 7 deletions and 4 insertions.

Návaznosti

• GA310/04/0021, projekt VaV: Název: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

Investor: Grantová agentura ČR, Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• NI7351, projekt VaV: Název: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice