Restrikční mapování genomů blízce příbuzných patogenních spirochet rodu Treponema.

STROUHAL, Michal and David ŠMAJS. Restrikční mapování genomů blízce příbuzných patogenních spirochet rodu Treponema. (Restriction mapping of closely related pathogenic spirochetes of the genus Treponema). In Sborník abstraktů XIV. Tomáškových dnů 2005. 2005.

Basic information

• Original name: Restrikční mapování genomů blízce příbuzných patogenních spirochet rodu Treponema.
• Name (in English): Restriction mapping of closely related pathogenic spirochetes of the genus Treponema
• Authors: STROUHAL, Michal (203 Czech Republic) and David ŠMAJS (203 Czech Republic, guarantor).
• Edition: Sborník abstraktů XIV. Tomáškových dnů 2005, 2005.

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Conference abstract
• Field of Study: Genetics and molecular biology
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14110/05:00013199
• Organization unit: Faculty of Medicine
• Keywords in English: Treponema pallidum ssp. pallidum; Treponema pallidum ssp. pertenue; Treponema paraluiscuniculi
• Tags: Treponema pallidum ssp. pallidum, Treponema pallidum ssp. pertenue, Treponema paraluiscuniculi

Abstract

V této studii jsme vyšetřili rozdíly mezi genomy čtyř příbuzných treponemálních kmenů zahrnující T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14, T. pallidum subsp. pertenue Samoan D, T. pallidum subsp. pertenue Gauthier a T. paraluiscuniculi metodou DNA fingerprintingu. Lze předpokládat, že různá míra invazivity a patogenity těchto spirochet se bude odrážet v rozdílech jejich genomů. Genomy studovaných kmenů byly rozděleny do 94 vzájemně se překrývajících oblastí (TPI intervalů). Každá z těchto oblastí byla pomocí XL PCR amplifikována a získané PCR produkty byly štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III. Takto získané restrikční profily byly použity k determinaci heterologních úseků DNA jednotlivých treponemálních kmenů. Tyto odlišnosti jsou soustředěny zejména ve skupině genů tpr, 12-ti genech specifických pro T. pallidum o zatím neznámé funkci. Identifikovaných nukleotidových záměn lze využít při molekulární identifikaci treponemálních kmenů.

Abstract (in English)

Restriction mapping was used for comparison of four treponemal genomes including strains T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14, T. pallidum subsp. pertenue Samoan D and T. paraluiscuniculi. The different degree of invasivity and pathogenicity of these strains could reflect the differences in their genomes. The genomes of analysed strains were divided into 94 intervals (TPI intervals) covering the whole genome and each of these segments was amplified by XL PCR. These PCR products were digested by restriction enzymes BamH I, EcoR I and Hind III and the resulting restiction profiles were used for identification of heterologous regions in chromosomal DNA. The genome differences are preferentially localized in tpr genes. Identified nucleotide changes can be used for molecular identification of individual treponemal strains or isolates.

Links

• GA310/04/0021, research and development project: Name: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

Investor: Czech Science Foundation, Postgenomic studies on Treponema pallidum, the syphilis spirochete

• MSM0021622415, plan (intention): Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations

• NI7351, research and development project: Name: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice

Investor: Ministry of Health of the CR