a 2005

Restrikční mapování genomů blízce příbuzných patogenních spirochet rodu Treponema.

STROUHAL, Michal and David ŠMAJS

Basic information

Original name

Restrikční mapování genomů blízce příbuzných patogenních spirochet rodu Treponema.

Name (in English)

Restriction mapping of closely related pathogenic spirochetes of the genus Treponema

Authors

STROUHAL, Michal (203 Czech Republic) and David ŠMAJS (203 Czech Republic, guarantor)

Edition

Sborník abstraktů XIV. Tomáškových dnů 2005, 2005

Other information

Language

Czech

Type of outcome

Konferenční abstrakt

Field of Study

Genetics and molecular biology

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

RIV identification code

RIV/00216224:14110/05:00013199

Organization unit

Faculty of Medicine

Keywords in English

Treponema pallidum ssp. pallidum; Treponema pallidum ssp. pertenue; Treponema paraluiscuniculi

Tags

Změněno: 8/4/2010 17:19, prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.

Abstract

ORIG EN

V originále

V této studii jsme vyšetřili rozdíly mezi genomy čtyř příbuzných treponemálních kmenů zahrnující T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14, T. pallidum subsp. pertenue Samoan D, T. pallidum subsp. pertenue Gauthier a T. paraluiscuniculi metodou DNA fingerprintingu. Lze předpokládat, že různá míra invazivity a patogenity těchto spirochet se bude odrážet v rozdílech jejich genomů. Genomy studovaných kmenů byly rozděleny do 94 vzájemně se překrývajících oblastí (TPI intervalů). Každá z těchto oblastí byla pomocí XL PCR amplifikována a získané PCR produkty byly štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III. Takto získané restrikční profily byly použity k determinaci heterologních úseků DNA jednotlivých treponemálních kmenů. Tyto odlišnosti jsou soustředěny zejména ve skupině genů tpr, 12-ti genech specifických pro T. pallidum o zatím neznámé funkci. Identifikovaných nukleotidových záměn lze využít při molekulární identifikaci treponemálních kmenů.

In English

Restriction mapping was used for comparison of four treponemal genomes including strains T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14, T. pallidum subsp. pertenue Samoan D and T. paraluiscuniculi. The different degree of invasivity and pathogenicity of these strains could reflect the differences in their genomes. The genomes of analysed strains were divided into 94 intervals (TPI intervals) covering the whole genome and each of these segments was amplified by XL PCR. These PCR products were digested by restriction enzymes BamH I, EcoR I and Hind III and the resulting restiction profiles were used for identification of heterologous regions in chromosomal DNA. The genome differences are preferentially localized in tpr genes. Identified nucleotide changes can be used for molecular identification of individual treponemal strains or isolates.

Links

GA310/04/0021, research and development project
Name: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum
Investor: Czech Science Foundation, Postgenomic studies on Treponema pallidum, the syphilis spirochete
MSM0021622415, plan (intention)
Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations
NI7351, research and development project
Name: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice
Investor: Ministry of Health of the CR