Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema.

STROUHAL, Michal and David ŠMAJS. Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema. (restriction mapping of the treponemal genomes). In Chemické listy. ČR: ČCHS, 2005, p. 386-387. ISSN 0009-2770.

Basic information

Original name

Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema.

Name (in English)

restriction mapping of the treponemal genomes

Authors

STROUHAL, Michal (203 Czech Republic) and David ŠMAJS (203 Czech Republic, guarantor)

Edition

ČR, Chemické listy, p. 386-387, 2 pp. 2005

Publisher

ČCHS

---

Other information

Language

Czech

Type of outcome

Stať ve sborníku

Field of Study

Genetics and molecular biology

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impact factor

Impact factor: 0.445

RIV identification code

RIV/00216224:14110/05:00013202

Organization unit

Faculty of Medicine

ISSN

Keywords in English

Treponema pallidum ssp. pallidum; Treponema pallidum ssp. pertenue; Treponema paraluiscuniculi

Tags

Treponema pallidum ssp. pallidum, Treponema pallidum ssp. pertenue, Treponema paraluiscuniculi

---

Abstract

V originále

V této práci jsme se soustředili na kompletní restrikční mapování genomů pěti příbuzných treponemálních kmenů zahrnující T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14, T. pallidum subsp. pertenue Samoan D, T. pallidum subsp. pertenue Gauthier a T. paraluiscuniculi. Genom T. pallidum subsp. pallidum Nichols byl rozdělen do 87 překrývajících se oblastí (TPI intervaly). Každý z těchto intervalů byl amplifikován u všech studovaných kmenů pomocí XL PCR a PCR produkty byly štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I, Hind III nebo jejich kombinacemi. Takto získaný restrikční profil byl použit k determinaci heterologních úseků DNA jednotlivých treponemálních kmenů. Výsledky naznačují vysokou míru sekvenční homologie mezi vyšetřenými kmeny. Ukazuje to na možnost, že rozdílná virulence treponemálních kmenů je podmíněna relativně malými odlišnostmi v příslušných genomech. Identifikované nukleotidové záměny lze využít při molekulární identifikaci treponemálních kmenů.

In English

Restriction mapping was used for comparison of four treponemal genomes including strains T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14, T. pallidum subsp. pertenue Samoan D and T. paraluiscuniculi. The genomes of analysed strains were divided into 94 intervals (TPI intervals) covering the whole genome and each of these segments was amplified by XL PCR. These PCR products were digested by restriction enzymes BamH I, EcoR I and Hind III and the resulting restiction profiles were used for identification of heterologous regions in chromosomal DNA. The results indicate a high sequence homology among treponemal strains. Different degrees of virulence of treponemal strains thus appear to depend on relatively small differences in their genomes. The genome differences are preferentially localized in tpr genes. Identified nucleotide changes can be used for molecular identification of individual treponemal strains or isolates.

---

Links

GA310/04/0021, research and development project	Name: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum Investor: Czech Science Foundation, Postgenomic studies on Treponema pallidum, the syphilis spirochete
MSM0021622415, plan (intention)	Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations
NI7351, research and development project	Name: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice Investor: Ministry of Health of the CR