Reproducibility of Comparative Genomics Sequencing in Treponema pallidum ssp. pallidum.

MATĚJKOVÁ, Petra, David ŠMAJS, T.J. ALBERT, S.J. NORRIS a G.M. WEINSTOCK. Reproducibility of Comparative Genomics Sequencing in Treponema pallidum ssp. pallidum. In Abstract Book of NATO Advanced Research Workshop on Molecular Biology of Spirochetes. 2005.

Základní údaje

• Originální název: Reproducibility of Comparative Genomics Sequencing in Treponema pallidum ssp. pallidum.
• Název česky: Spolehlivost komparativního genomového sekvenování u Treponema pallidum ssp. pallidum.
• Autoři: MATĚJKOVÁ, Petra (203 Česká republika), David ŠMAJS (203 Česká republika, garant), T.J. ALBERT (840 Spojené státy), S.J. NORRIS (840 Spojené státy) a G.M. WEINSTOCK (840 Spojené státy).
• Vydání: Abstract Book of NATO Advanced Research Workshop on Molecular Biology of Spirochetes, 2005.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14110/05:00013212
• Organizační jednotka: Lékařská fakulta
• Klíčová slova anglicky: T. pallidum subspecies pallidum; strain SS14; Comparative Genomic Sequencing
• Štítky: Comparative Genomic Sequencing, strain SS14, T. pallidum subspecies pallidum

Anotace

The genome of T. pallidum subspecies pallidum strain SS14 was sequenced twice using Comparative Genomic Sequencing (CGS) strategy. In the first mapping stage, fluorescently labeled genomic Two independent CGS experiments with different DNA isolates of SS14 strain (4950 and 4951) were performed. 319 and 317 SNPs were identified with 4951 and 4950 DNA isolations, respectively. Both sequencing experiments differed in 14 SNPs, (1 difference per 81 kb of the genome sequence).

Anotace česky

Genom T. pallidum subspecies pallidum kmene SS14 byl dvakrát nezávisle sekvenován s použitím strategie CGS - Comparative Genomic Sequencing strategy. Dva nezávislé experimenty s odlišnými vzorky DNA kmene SS14 (4950 a 4951) odhalily 319 a 317 SNP zámn. Oba experimenty se lišily ve 14 SNP, (1 rozdíl na 81 kb genomové sekvence).

Návaznosti

• GA310/04/0021, projekt VaV: Název: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

Investor: Grantová agentura ČR, Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• NI7351, projekt VaV: Název: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice