HUBENÝ, Jan, Pavel MATULA, Petr MATULA and Michal KOZUBEK. Improved 3D Reconstruction of Interphase Chromosomes Based on Nonlinear Diffusion Filtering. In Proceedings of PDE-Based Image Processing and Related Inverse Problems. Berlin: Springer-Verlag. p. 163-173, 10 pp. ISBN 3-540-33266-9. 2006.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name Improved 3D Reconstruction of Interphase Chromosomes Based on Nonlinear Diffusion Filtering
Name in Czech Vylepšení 3D rekonstrukce chromosomů v interfázi založené na nelineárním difúzním filtrování
Authors HUBENÝ, Jan (203 Czech Republic, guarantor), Pavel MATULA (203 Czech Republic), Petr MATULA (203 Czech Republic) and Michal KOZUBEK (203 Czech Republic).
Edition Berlin, Proceedings of PDE-Based Image Processing and Related Inverse Problems, p. 163-173, 10 pp. 2006.
Publisher Springer-Verlag
Other information
Original language English
Type of outcome Proceedings paper
Field of Study 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Country of publisher Germany
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
RIV identification code RIV/00216224:14330/06:00015590
Organization unit Faculty of Informatics
ISBN 3-540-33266-9
Keywords in English Nonlinear diffusion filtering; PDE based image processing; interphase chromosomes; biomedical application
Tags biomedical application, cbia-web, interphase chromosomes, Nonlinear diffusion filtering, PDE based image processing
Tags International impact, Reviewed
Changed by Changed by: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Changed: 18/3/2008 01:16.
Abstract
A recently published method for 3D reconstruction of interphase chromosomes based on the fast marching method was extended. A kind of anisotropic diffusion filtering, namely the balanced forward-backward diffusion filtering, was added to the preprocessing phase of the algorithm. The method for finding an optimal arrival time was also modified. The anisotropic diffusion filtering can suppress inhomogeneities in chromosome staining while edges in images are preserved. This leads to better performance for chromosomes that are close to each other.
Abstract (in Czech)
Nedávno publikovaná metoda na rekonstrukci chromozomů v interfázi využívající fast marching metodu byla rozšířena. BDo fáze předzpracování obrazových dat bylo přidáno nelineární difúzní filtrování, jmenovitě balanced backward forward fitrování. Metoda na hledání optimálního času příchodu byla také změněna. Nelineární difůze potlačuje nerovnoměrnosti v intenzitě chromozomů a zároveň zachovává jejich hrany. Toto vše vede k lepším výsledkům prezentované metody.
Links
GP204/03/D034, research and development projectName: Trojrozměrná analýza buněčných jader s využitím obrazové cytometrie
Investor: Czech Science Foundation, Threedimensional analysis of cell nuclei using image cytometry
MSM0021622419, plan (intention)Name: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Highly Parallel and Distributed Computing Systems
PrintDisplayed: 20/4/2024 02:00