D 2006

Improved 3D Reconstruction of Interphase Chromosomes Based on Nonlinear Diffusion Filtering

HUBENÝ, Jan, Pavel MATULA, Petr MATULA and Michal KOZUBEK

Basic information

Original name

Improved 3D Reconstruction of Interphase Chromosomes Based on Nonlinear Diffusion Filtering

Name in Czech

Vylepšení 3D rekonstrukce chromosomů v interfázi založené na nelineárním difúzním filtrování

Authors

HUBENÝ, Jan (203 Czech Republic, guarantor), Pavel MATULA (203 Czech Republic), Petr MATULA (203 Czech Republic) and Michal KOZUBEK (203 Czech Republic)

Edition

Berlin, Proceedings of PDE-Based Image Processing and Related Inverse Problems, p. 163-173, 10 pp. 2006

Publisher

Springer-Verlag

Other information

Language

English

Type of outcome

Stať ve sborníku

Field of Study

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Country of publisher

Germany

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

RIV identification code

RIV/00216224:14330/06:00015590

Organization unit

Faculty of Informatics

ISBN

3-540-33266-9

Keywords in English

Nonlinear diffusion filtering; PDE based image processing; interphase chromosomes; biomedical application

Tags

Tags

International impact, Reviewed
Změněno: 18/3/2008 01:16, doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D.

Abstract

ORIG CZ

V originále

A recently published method for 3D reconstruction of interphase chromosomes based on the fast marching method was extended. A kind of anisotropic diffusion filtering, namely the balanced forward-backward diffusion filtering, was added to the preprocessing phase of the algorithm. The method for finding an optimal arrival time was also modified. The anisotropic diffusion filtering can suppress inhomogeneities in chromosome staining while edges in images are preserved. This leads to better performance for chromosomes that are close to each other.

In Czech

Nedávno publikovaná metoda na rekonstrukci chromozomů v interfázi využívající fast marching metodu byla rozšířena. BDo fáze předzpracování obrazových dat bylo přidáno nelineární difúzní filtrování, jmenovitě balanced backward forward fitrování. Metoda na hledání optimálního času příchodu byla také změněna. Nelineární difůze potlačuje nerovnoměrnosti v intenzitě chromozomů a zároveň zachovává jejich hrany. Toto vše vede k lepším výsledkům prezentované metody.

Links

GP204/03/D034, research and development project
Name: Trojrozměrná analýza buněčných jader s využitím obrazové cytometrie
Investor: Czech Science Foundation, Threedimensional analysis of cell nuclei using image cytometry
MSM0021622419, plan (intention)
Name: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Highly Parallel and Distributed Computing Systems