Determinace druhů čeledi Ceratopogonidae je poměrně komplikovaná a náročná, především vzhledem k malým rozměrům těla, často nejasným determinačním znakům a v neposlední řadě i nedostatku vhodné determinační literatury. Na základě získaných sekvencí 16 druhů čeledi pakomárcovitích byly rekonstruovány fylogenetické vztahy v rámci čeledi a objasněny některé taxonomické problémy, na které klasické metody nebyly schopné dát uspokojivou odpověď. Fylogenetické rekonstrukce byly provedeny v programu MEGA 3 využitím různých modelů (Jukes-Cantor, Kimura 2-Parameter, Tamura Nei, P-distances) s obdobným výsledkem. Parciální sekvence genu 16S rRNA objasnily taxonomické problémy v rodech Dasyhelea a Atrichopogon. U rodu Dasyhelea šlo o rozlišení druhů Dasyhelea saxicola, D. versicolor a D. septuosa, které jsou na základě variabilních morfologických znaků téměř nerozlišitelné. Jde především o celkové zbarvení, zbarvení končetin a morfologie gonosternitu samic. Podle jedné z intenzivně prosazovaných hypotéz zbarvení jedinců úzce souvisí (tedy i varíruje) s typem biotopu,v němž se larvy i imaga vyvíjejí. Tato hypotéza byla vyvrácena a byla potvrzena validita všech tří výše uvedených druhů. U rodu Atrichopogon (podrod Meloehelea) šlo o potvrzení či vyvrácení determinace severoamerického druhu A. epicautae. Několik evropských jedinců, kteří byli podle jediného dostupného morfologického klíče determinováni jako A. epicautae, vykazovalo identickou sekvenci s běžným evropským druhem A. lucorum. V současné době je připravována do tisku revize podrodu Meloehelea (jak druhy evropské, tak americké a kanadské) na základě morfologických znaků. Rekonstrukce fylogenetických vztahů plně podpořila současný systém založený na morfologických znacích, volba mitochondriálního genu 16S u pakomárců se tedy osvědčila na více taxonomických úrovních.