Právní regulace nepřímých daní v České republice je ovlivňována právem Evropské unie. Direktivy EU ovlivnily právní úpravu spotřebních daní a daně z přidané hodnoty tak významně, že její současné principy, definice, správa, proces se odlišují od původní národní úpravy a vytváří zvláštní subsystém v rámci právní úpravy daní a poplatků. Aplikace a interpretace nové regulace bude ovlivněna evropskou praxí. Nově se při správě spotřebních daní uplatňují orgány Celní správy České republiky a rovněž právní úprava obsažená v evropském celním kodexu. V případě daně z přidané hodnoty se správa dělí mezi územní finanční orgány a celní správu (vývoz - dovoz).