Detailed Information on Publication Record
2006
Proteomic and bioinformatic analysis of iron- and sulfur-oxidizing Acidithiobacillus ferrooxidans using immobilized pH gradients and mass spectrometry
BOUCHAL, Pavel, Zbyněk ZDRÁHAL, Šárka HELÁNOVÁ, Oldřich JANICZEK, Kevin B. HALLBERG et. al.Basic information
Original name
Proteomic and bioinformatic analysis of iron- and sulfur-oxidizing Acidithiobacillus ferrooxidans using immobilized pH gradients and mass spectrometry
Name in Czech
Proteomová a bioinformatická analýza bakterie Acidithiobacillus ferrooxidans rostlé na železe a síře pomocí mobilizovaných pH gradientů a hmotnostní spektrometrie
Authors
BOUCHAL, Pavel (203 Czech Republic, guarantor), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Czech Republic), Šárka HELÁNOVÁ (203 Czech Republic), Oldřich JANICZEK (203 Czech Republic), Kevin B. HALLBERG (826 United Kingdom of Great Britain and Northern Ireland) and Martin MANDL (203 Czech Republic)
Edition
Proteomics, Weinheim, Wiley-VCH, 2006, 1615-9853
Other information
Language
English
Type of outcome
Článek v odborném periodiku
Field of Study
10600 1.6 Biological sciences
Country of publisher
Germany
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
References:
Impact factor
Impact factor: 5.735
RIV identification code
RIV/00216224:14310/06:00015727
Organization unit
Faculty of Science
UT WoS
000239867600008
Keywords in English
Acidithiobacilus ferrooxidans; Iron oxidation; Protein reduction; Proteome; Sulfur oxidation
Tags
International impact, Reviewed
Změněno: 15/2/2007 13:06, doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.
V originále
A comparative analysis of the protein composition of Acidithiobacillus ferrooxidans cells grown on elemental sulfur and ferrous iron was performed. A newly developed protocol involving immobilized pH gradients, improved protein reduction, mass spectrometry protein identification and full genome sequence information was applied. This approach resulted in more than 1300 protein spots displayed in broad and basic pH ranges, the best At. ferrooxidans proteome resolution to date. A comparative image analysis revealed that the proteome was significantly influenced by the growth type, and allowed for the detection of many physiologically important proteins. Among them were sulfate adenylyltransferase and sulfide dehydrogenase, which are involved in sulfate assimilation and sulfide metabolism, respectively. Many other proteins were related to important processes like cell attachment and electron transport. Co-migration of phosphate and sulfate transport proteins was also observed.
In Czech
Byla provedena komparativní analýza proteinového složení buněk bakterie Acidithiobacillus ferrooxidans rostlých na elementární síře a na železe. Byl přitom použit nově optimalizovaný protokol využívající imobilizované pH gradienty, vylepšenou redukci proteinů, identifikaci proteinů hmotnostní spektrometrií a kompletní genomovou informaci. Tento přístup vedl ke zobrazení více než 1300 proteinů v širokém a bazickém rozsahu pH, což představuje nejlepší současné rozlišení proteomu A. ferrooxidans. Komparativní obrazová analýza potvrdila, že proteom byl výrazně ovlivněn typem růstu a vedla k identifikaci mnoha fyziologicky významných proteinů. Patří mezi ně sulfátadenylyltranferasa a sulfiddehydrogenasa, které jsou zapojeny do asimilace síranů a metabolismu sulfidů. Další identifikované proteiny jsou zapojeny do důležitých procesů jako sorpce buněk k růstovému substrátu a transport elektronů. Byla rovněž pozorována výrazná komigrace transportních proteinů pro fosfátové a síranové ionty.
Links
| GA525/04/1309, research and development project |
| ||
| MSM0021622413, plan (intention) |
| ||
| MSM0021622415, plan (intention) |
|