Studium patogeneze kolorektálních karcinomů pomocí profilů genové exprese a možnosti jejich využití v diagnostické a prediktivní onkologii

SLABÝ, Ondřej, Ingrid GARAJOVÁ, Marek SVOBODA, Ilona KOCÁKOVÁ and Rostislav VYZULA. Studium patogeneze kolorektálních karcinomů pomocí profilů genové exprese a možnosti jejich využití v diagnostické a prediktivní onkologii (Studies on colorectal cancer pathogenesis by gene expression profiles and possibilities of their application to diagnostic and predictive oncology). Klinická onkologie. Brno: CLSJEP, 2006, vol. 2006, Suppl., p. 382-389. ISSN 0862-495X.

Basic information

• Original name: Studium patogeneze kolorektálních karcinomů pomocí profilů genové exprese a možnosti jejich využití v diagnostické a prediktivní onkologii
• Name (in English): Studies on colorectal cancer pathogenesis by gene expression profiles and possibilities of their application to diagnostic and predictive oncology
• Authors: SLABÝ, Ondřej (203 Czech Republic), Ingrid GARAJOVÁ (703 Slovakia), Marek SVOBODA (203 Czech Republic), Ilona KOCÁKOVÁ (203 Czech Republic) and Rostislav VYZULA (203 Czech Republic, guarantor).
• Edition: Klinická onkologie, Brno, CLSJEP, 2006, 0862-495X.

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Article in a journal
• Field of Study: 30200 3.2 Clinical medicine
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• WWW: URL
• RIV identification code: RIV/00216224:14110/06:00017177
• Organization unit: Faculty of Medicine
• Keywords in English: colorectal cancer; DNA microarray technology; gene expression; pathogenesis; prognosis; prediction
• Tags: Colorectal cancer, DNA microarray technology, GENE EXPRESSION, pathogenesis, Prediction, prognosis
• Tags: Reviewed

Abstract

Technologie DNA čipů je v současné době nejúčinnější a nejrozšířenější metodou studia genové exprese. Počet prací využívajících tuto technologii v posledních letech exponenciálně narůstá a možnosti jejího využití se výrazně posunuly z oblasti experimentální do oblasti klinické. Ve výzkumu kolorektálních karcinomů bylo za posledních pět let využito DNA čipů ve více než šedesáti studiích. Tyto práce popisovaly schopnost čipů odlišit nádorovou tkáň od zdravé střevní sliznice, rozdělit nádory podle histopatologického stádia, anatomické lokalizace, mikrosatelitní nestability, determinovat znaky regionálních a vzdálených metastáz v primárních nádorech, predikovat léčebnou odpověď a identifikovat prognostické skupiny pacientů. Srovnatelnost a reprodukovatelnost výsledků DNA čipových studií bohužel výrazně ovlivňuje jejich technologická rozmanitost. Přesto jsme nalezli několik desítek genů, potenciálních markerů kolorektální karcinogeneze, jejichž pozměněná exprese v nádorové tkáni byla pozorována ve dvou a více nezávislých studiích. Slibné výsledky přinesly práce zaměřené na využití profilů genové exprese ke stanovení prognózy. Průměrná senzitivita predikce relapsu nádorového onemocněni, vzdálenostní progrese a délky celkového přežití pomocí profilů genové exprese byla pro všechny tři parametry přibližně 80%. Dobré analytické vlastnosti prokázaly DNA čipy také v predikci léčebné odpovědi. Klinické využití profilů genové exprese bude znamenat zásadní krok vedoucí směrem k individualizaci léčby a dispenzarizace pacientů s kolorektálními karcinomy.

Abstract (in English)

DNA microarray technology is currently the most effective and widespread technique used for gene expression studies. Over the last years the number of reports related to this technology exponentially increases and possibilities of DNA microarrays usage markedly drifted from basic to clinical research. DNA microarrays were used in more than sixty studies focused on colorectal cancer during last five years. This reports show efficiency of this technology to distinguish tumor from normal colonic tissue and classify tumors in order to their pathological grade, anatomic localization and microsatellite status. Subsequent papers demonstrate abilities of gene expression profiles to determinate molecular signature of metastatic disease in primary tumors and predict therapy response and disease prognosis. However, comparability and reproducibility of studies based on DNA microarrays are notably affected by their technological diversity. Anyway, we found several genes (potential markers of colorectal carcinogenesis) with altered expression in tumors identified by two or more independent studies. Promising results were reached by gene expression profiles in prediction of colorectal cancer prognosis. DNA microarrays showed good analytical ability also in therapy response prediction. Clinical application of gene expression profiles will be the important advance leading to individualized therapy and dispensarization of patients with colorectal cancer.

Links

• NR9076, research and development project: Name: Genomické profilování v predikci odpovědi na chemoradioterapii u pacientů s lokálně pokročilým karcinomem konečníku