Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum.

STROUHAL, Michal, Petra MATĚJKOVÁ a David ŠMAJS. Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum. Online. In X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. 2006. vyd. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2006. s. 17. ISBN 80-210-3942-6. [citováno 2024-04-23]

Základní údaje

• Originální název: Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum.
• Název česky: Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum.
• Název anglicky: Comparative genomics of pathogenic strains of T. pallidum.
• Autoři: STROUHAL, Michal, Petra MATĚJKOVÁ a David ŠMAJS
• Vydání: 2006. vyd. Brno, X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. s. 17-17, 2006.
• Nakladatel: Masarykova univerzita v Brně

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Stať ve sborníku
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Organizační jednotka: Lékařská fakulta
• ISBN: 80-210-3942-6
• Klíčová slova anglicky: Comparative genomics; pathogenic strains of T. pallidum.
• Štítky: comparative genomics

Anotace

Byly porovnány čtyři genomy blízce příbuzných kmenů zahrnující T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14 (ve dvou nezávislých izolacích), T. pallidum subsp. pertenue Samoan D a T. paraluiscuniculi Cuniculi A metodou DNA fingerprintingu. Genomy studovaných kmenů byly rozděleny do 97 překrývajících se intervalů; tyto intervaly byly amplifikovány a štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III. Jednotlivé restrikční profily byly použity k identifikaci heterologních oblastí. U kmene Cuniculi A byly kompletně deletovány geny TP0127, TP0128, TP0134 a TP0619; částečně deletovány geny TP0104 (ushA, 5-nukleotidáza), TP0129, TP0133, TP0135, TP0136, TP0315, TP0316 (tprF), TP0317 (tprG), TP0470, TP0545 (methylgalaktozid ABC-přenašeč), TP0548, TP0620 (tprI) a TP1029; dvě delece byly nalezeny v mezigenových oblastech TP0135-6 a TP0545-6. Kromě genů TP0104 a TP0545 se jedná o hypotetické geny s neznámou funkcí. Inzerce u kmene Cuniculi A byly zjištěny v genech TP0433, TP0434, TP0548 a TP1030 (hypotetické geny) a v mezigenových oblastech TP0009-10, TP0126-9, TP0135-6, TP0316-7 a TP0548-9. Mezi geny TP0009-10 byla vložena sekvence trpA/B genu (TP0009/11), mezi geny TP0126-9 byla vložena sekvence obsahující 2 ORF tprK genu (TP0897) a v místě TP0316-7 (tprF, tprG) byl detekován jeden ORF tprI genu (TP0620). U kmene Samoan D bylo nalezeno 7 delecí a 3 inzerce. Delece byly zjištěny v hypotetických genech TP0067, TP0133-TP0134, TP0136, TP0316 (tprF)-TP0317 (tprG), TP0470, TP1030-TP1031 (tprL) a v mezigenové oblasti TP0135-6. Mezi geny TP0126-7 byla vložena sekvence tprK genu (TP0897), další inzerce byly detekovány v genech TP0433 a TP0434 (hypotetické geny) a v mezigenové oblasti TP0548-9. U kmene Nichols a SS14 byly zjištěny změny v repetitivní oblasti genu TP0470 (konzervovaný hypotetický protein), v repetitivní oblasti genů TP0433 a TP0434 (hypotetické geny) a v mezigenové oblasti TP0126-7, kde byla detekována sekvence podobná tprK genu (TP0897). U kmene SS14 byla navíc nalezena delece v mezigenové oblasti TP0135-6. Výsledky naznačují vysokou míru sekvenční homologie mezi vyšetřenými kmeny. Rozdíly v genomech byly soustředěny zejména do skupiny tpr genů a do skupiny hypotetických genů, které se nacházejí v blízkosti tpr genů. Identifikovaných nukleotidových záměn lze využít při molekulární identifikaci treponemálních kmenů.

Anotace anglicky

The genomes of analysed strains were divided into 97 overlapping intervals covering the whole genome and each of these segments was amplified and digested by restriction enzymes BamH I, EcoR I and Hind III. The resulting restiction profiles were used for identification of heterologous regions in chromosomal DNA of analysed strains. Differences in intergenic region TP0135-6 and differences in number of tandem repetitions within the gene TP470 and genes TP0433-4 (hypothetical genes) were detected in the strains SS14, Samoan D and Cuniculi A when compared to the Nichols genome. Insertion between genes TP0126-7 showed sequence similarity to the tprK gene in all analysed strains. 6 deletions and 1 insertion were found in the strain Samoan D. Deletions were mapped to hypothetical genes TP0067, TP0132-3, TP0136, TP0316 (tprF), TP0317 (tprG) and TP1030-1 (tprL). Insertion of sequentially unique region was detected between genes TP0548-9. 17 deletions were found in the strain Cuniculi A: 4 genes were completely deleted (TP0127, TP0128, TP0134 and TP0619) and 13 partially (TP0104, TP0129, TP0133, TP0135, TP0136, TP0315, TP0316 (tprF), TP0317 (tprG), TP0470, TP0545, TP0548, TP0620 (tprI) and TP1029). With exception of genes TP0104 (ushA, 5-nucleotidase) and TP0545 (methylgalactoside-ABC-transporter) all the above mentioned genes are hypothetical genes. 5 insertions were detected in the strain Cuniculi A: 2 within the genes TP0548 and TP1030 (hypothetical genes) and 3 in intergenic regions TP0548-9, TP0009-10 (part of the sequence of tprA/B gene inserted) and TP0316-7 (sequence similar to the tprI gene inserted).

Návaznosti

• GA310/04/0021, projekt VaV: Název: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

Investor: Grantová agentura ČR, Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• NR8967, projekt VaV: Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů