Other formats:
BibTeX
LaTeX
RIS
@inproceedings{703502,
author = {Strouhal, Michal and Matějková, Petra and Šmajs, David},
address = {Brno},
booktitle = {X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků.},
edition = {2006},
keywords = {Comparative genomics; pathogenic strains of T. pallidum.},
language = {cze},
location = {Brno},
isbn = {80-210-3942-6},
pages = {17-17},
publisher = {Masarykova univerzita v Brně},
title = {Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum.},
year = {2006}
}
TY - JOUR
ID - 703502
AU - Strouhal, Michal - Matějková, Petra - Šmajs, David
PY - 2006
TI - Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum.
PB - Masarykova univerzita v Brně
CY - Brno
SN - 8021039426
KW - Comparative genomics
KW - pathogenic strains of T. pallidum.
N2 - Byly porovnány čtyři genomy blízce příbuzných kmenů zahrnující T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14 (ve dvou nezávislých izolacích), T. pallidum subsp. pertenue Samoan D a T. paraluiscuniculi Cuniculi A metodou DNA fingerprintingu. Genomy studovaných kmenů byly rozděleny do 97 překrývajících se intervalů; tyto intervaly byly amplifikovány a štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III. Jednotlivé restrikční profily byly použity k identifikaci heterologních oblastí. U kmene Cuniculi A byly kompletně deletovány geny TP0127, TP0128, TP0134 a TP0619; částečně deletovány geny TP0104 (ushA, 5-nukleotidáza), TP0129, TP0133, TP0135, TP0136, TP0315, TP0316 (tprF), TP0317 (tprG), TP0470, TP0545 (methylgalaktozid ABC-přenašeč), TP0548, TP0620 (tprI) a TP1029; dvě delece byly nalezeny v mezigenových oblastech TP0135-6 a TP0545-6. Kromě genů TP0104 a TP0545 se jedná o hypotetické geny s neznámou funkcí. Inzerce u kmene Cuniculi A byly zjištěny v genech TP0433, TP0434, TP0548 a TP1030 (hypotetické geny) a v mezigenových oblastech TP0009-10, TP0126-9, TP0135-6, TP0316-7 a TP0548-9. Mezi geny TP0009-10 byla vložena sekvence trpA/B genu (TP0009/11), mezi geny TP0126-9 byla vložena sekvence obsahující 2 ORF tprK genu (TP0897) a v místě TP0316-7 (tprF, tprG) byl detekován jeden ORF tprI genu (TP0620). U kmene Samoan D bylo nalezeno 7 delecí a 3 inzerce. Delece byly zjištěny v hypotetických genech TP0067, TP0133-TP0134, TP0136, TP0316 (tprF)-TP0317 (tprG), TP0470, TP1030-TP1031 (tprL) a v mezigenové oblasti TP0135-6. Mezi geny TP0126-7 byla vložena sekvence tprK genu (TP0897), další inzerce byly detekovány v genech TP0433 a TP0434 (hypotetické geny) a v mezigenové oblasti TP0548-9. U kmene Nichols a SS14 byly zjištěny změny v repetitivní oblasti genu TP0470 (konzervovaný hypotetický protein), v repetitivní oblasti genů TP0433 a TP0434 (hypotetické geny) a v mezigenové oblasti TP0126-7, kde byla detekována sekvence podobná tprK genu (TP0897). U kmene SS14 byla navíc nalezena delece v mezigenové oblasti TP0135-6. Výsledky naznačují vysokou míru sekvenční homologie mezi vyšetřenými kmeny. Rozdíly v genomech byly soustředěny zejména do skupiny tpr genů a do skupiny hypotetických genů, které se nacházejí v blízkosti tpr genů. Identifikovaných nukleotidových záměn lze využít při molekulární identifikaci treponemálních kmenů.
ER -
STROUHAL, Michal, Petra MATĚJKOVÁ and David ŠMAJS. Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum. (Comparative genomics of pathogenic strains of T. pallidum.). In \textit{X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků.}. 2006th ed. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2006, p.~17. ISBN~80-210-3942-6.
|
