Sekvenace heterologních oblastí genomu T. pallidum sussp. pertenue kmene Samoan D: cesta ke kompletní genomové sekvenci původce yaws.

MATĚJKOVÁ, Petra and David ŠMAJS. Sekvenace heterologních oblastí genomu T. pallidum sussp. pertenue kmene Samoan D: cesta ke kompletní genomové sekvenci původce yaws. (Sequencing of the genome of T. pallidum subsp. pertenue strain Samoa D). In Jubilejní 50. studentská vědecká konference. Program a abstrakta. 2006.

Basic information

• Original name: Sekvenace heterologních oblastí genomu T. pallidum sussp. pertenue kmene Samoan D: cesta ke kompletní genomové sekvenci původce yaws.
• Name (in English): Sequencing of the genome of T. pallidum subsp. pertenue strain Samoa D
• Authors: MATĚJKOVÁ, Petra (203 Czech Republic) and David ŠMAJS (203 Czech Republic, guarantor).
• Edition: Jubilejní 50. studentská vědecká konference. Program a abstrakta. 2006.

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Conference abstract
• Field of Study: Genetics and molecular biology
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14110/06:00016082
• Organization unit: Faculty of Medicine
• Keywords in English: Sequencing; T. pallidum subsp. pertenue strain Samoa D
• Tags: Sequencing

Abstract

Cíl: Cílem práce bylo amplifikovat heterologní oblasti genomu Treponema pallidum subsp. pertenue Samoan D zjištěné metodou komparativní genomové sekvenace (CGS) a přispět tak k získání kompletní genomové sekvence původce yaws. Metodou přímého sekvenování PCR produktů jsme vyšetřili 68 z 82 heterologních oblastí a nalezli jsme sekvenční změny charakteru jednonukleotidových záměn a krátkých delecí a inzercí. U oblastí delších, kde je nutno používat pro sekvenování také interní primery, dochází často k situaci, že primery nenasedají, neboť v jejich komplementárním místě je sekvenční změna oproti kmeni Nichols. Sekvenční rozdíly zjištěné DDT sekvenováním heterologních úseků budou použity pro dokončení kompletní genomové sekvence kmene Samoan D.

Abstract (in English)

Treponema pallidum ssp. pallidum (TPA), the causative agent of syphilis, and T. pallidum ssp. pertenue (TPE), the causative agent of yaws (Antal et al. 2002), have closely related genomes but cause distinct infections. Syphilis is a sexually transmitted disease while yaws is a tropical skin disease transmitted by contact. Classical molecular methods of nucleic acid comparisons showed identity of these genomes higher than 95%. Comparative Genome Sequencing (CGS, Alberts et al. 2005) was performed. The approach is based on oligonucleotide chip hybridization of tested and reference strain chromosomal DNA. In TPE Samoa D strain genome over 900 SNPs were identified when compared to Nichols strain and additional 80 heterologous regions were discovered. Heterologous regions contain clusters of SNPs and short indels and have to be DDT sequenced. The aim of this work was partial confirmation of SNP list output of CGS and DDT completion of genome sequence of yaws spirochete.

Links

• GA310/04/0021, research and development project: Name: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

Investor: Czech Science Foundation, Postgenomic studies on Treponema pallidum, the syphilis spirochete

• MSM0021622415, plan (intention): Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations

• NR8967, research and development project: Name: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů

Investor: Ministry of Health of the CR