Analýza sigma-54 závislých promotorů spirochety Treponema pallidum.

ČEJKOVÁ, Darina a David ŠMAJS. Analýza sigma-54 závislých promotorů spirochety Treponema pallidum. In Jubilejní 50. studentská vědecká konference. Program a abstrakta. 2006.

Základní údaje

• Originální název: Analýza sigma-54 závislých promotorů spirochety Treponema pallidum.
• Název anglicky: Analysis of sigma-54 dependent promoters in Treponema pallidum.
• Autoři: ČEJKOVÁ, Darina (203 Česká republika) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant).
• Vydání: Jubilejní 50. studentská vědecká konference. Program a abstrakta. 2006.

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14110/06:00016085
• Organizační jednotka: Lékařská fakulta
• Klíčová slova anglicky: sigma-54 dependent proters; Treponema pallidum.
• Štítky: sigma-54 dependent proters, Treponema pallidum.

Anotace

Cíl: Studium funkce faktoru sigma-54 (RpoN) a jeho promotorů. Potvrzení regulace genové exprese u původce syfilis, Treponema pallidum ssp. pallidum. V genomu T. pallidum ssp. pallidum Nichols byly pomocí programu Promscan identifikovány geny, které mají promotory rozpoznávané faktorem sigma-54. Jsou to: TP0105, TP0324, TP0689, TP0816, TP1035 a TP1038. Promotory genů TP0105, TP0501 (negativní kontrola) a TP1038 byly naklonovány do vektoru pCS26. Ve wt kmenech E. coli DH10B byla bazální transkripce z těchto promotorů příliš vysoká, proto byl tento reportérový systém přenesen do kmenů E. coli rpoN- nebo E. coli fhlA-. Vzniklé konstrukty byly dále transformovány rekombinantními plazmidy nesoucími treponemální geny TP0111 (rpoN) a TP0082 (fhlA). Po indukci exprese genů rpoN a fhlA dochází u promotorů genů TP0105 (polA) a TP1038 (tpF1) k signifikantnímu vzrůstu luminiscence oproti kontrolám.

Anotace anglicky

Genes rpoN (coding for sigma 54 factor) and fhlA (coding for putative transcriptional activator) were cloned into the arabinose-inducible expression vector pBAD/HisB. Q-PCR technique was used for the study of putative gene regulation mediated by RpoN and FhlA in the clones of the BAC library. sigma 54-dependent promoters were identified in the T. pallidum genome using in silico approach and the predicted transcripts were mapped by PCR technique. Two possible sigma 54-dependent promoters (in the three BAC clones used) were identified by the software Promscan. Promoters were predicted upstream of sigA (TP1012) and TpF1 genes and transcript starts were confirmed by PCR amplifications. The experimental findings of the hlyIII and TpF1 (both organized in one operon) and sigA were in agreement with in silico analysis. Proteins RpoN and FhlA are positive regulators of gene expression of several treponemal genes.

Návaznosti

• GA310/04/0021, projekt VaV: Název: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

Investor: Grantová agentura ČR, Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• NR8967, projekt VaV: Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů