D 2007

Estimating Large Local Motion in Live-Cell Imaging Using Variational Optical Flow

HUBENÝ, Jan, Vladimír ULMAN and Pavel MATULA

Basic information

Original name

Estimating Large Local Motion in Live-Cell Imaging Using Variational Optical Flow

Name in Czech

Odhadování velkých lokálních pohybů v in-vivo obrazových sekvencích pomocí variačních metod optického toku

Authors

HUBENÝ, Jan (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution), Vladimír ULMAN (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Pavel MATULA (203 Czech Republic, belonging to the institution)

Edition

Portugal, VISAPP 2007 Second International Conference On Computer Vision Theory And Applications, Proceedings, p. 542-548, 7 pp. 2007

Publisher

INSTICC PRESS

Other information

Language

English

Type of outcome

Stať ve sborníku

Field of Study

20200 2.2 Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering

Country of publisher

Spain

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

RIV identification code

RIV/00216224:14330/07:00020059

Organization unit

Faculty of Informatics

ISBN

978-972-8865-74-0

UT WoS

000250107900082

Keywords in English

live-cell imaging motion tracking 3D imaging variational optical flow

Tags

Tags

International impact, Reviewed
Změněno: 20/6/2012 09:03, RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D.

Abstract

V originále

The paper studies the application of state-of-the-art variational optical flow methods for motion tracking of fluorescently labeled targets in living cells. Four variants of variational optical flow methods suitable for this task are briefly described and evaluated in terms of the average angular error. Artificial ground-truth image sequences were generated for the purpose of this evaluation. The aim was to compare the ability of those methods to estimate local divergent motion and their suitability for data with combined global and local motion. Parametric studies were performed in order to find the most suitable parameter adjustment. It is shown that a selected optimally tuned method tested on real 3D input data produced satisfactory results. Finally, it is shown that by using appropriate numerical solution, reasonable computational times can be achieved even for 3D image sequences.

In Czech

Článek studuje aplikaci stávajících metod na výpočet optického toku na odhad lokálních pohybů v in-vivo obrazových sekvencích. Nejprve jsou popsány čtyři metody na výpočet optického toku, které jsou vhodné pro tento úkol. Tyto metody jsou následně vyhodnoceny pomocí parametrických studií na umělých datech. Vybraná nejlepší metoda s nejlepším nastavení parametrů je následně vyzkoušena na reálné 3D obrazové sekvenci. Je ukázáno, že i pro tuto sekvenci produkuje náš přistup přijatelné výsledky. Nakonec je diskutována doba běhu a nároky na pamět, které jsou akceptovatelné.

Links

GD102/05/H050, research and development project
Name: Integrovaný přístup k výchově studentů DSP v oblasti paralelních a distribuovaných systémů
Investor: Czech Science Foundation, Integrated approach to education of PhD students in the area of parallel and distributed systems
LC535, research and development project
Name: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
MSM0021622419, plan (intention)
Name: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Highly Parallel and Distributed Computing Systems