KOUTNÁ, Irena, Petr KRONTORÁD, Zbyněk SVOBODA and Michal KOZUBEK. Vybrané aplikace technologie cDNA microarrays v onkologickém výzkumu (Selected applications of cDNA microarrays technology in oncological research). Klinická onkologie. Czech Republic: ApS BRNO, 2006, vol. 19, No 2, p. 338 - 341. ISSN 0862-495X.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name Vybrané aplikace technologie cDNA microarrays v onkologickém výzkumu
Name (in English) Selected applications of cDNA microarrays technology in oncological research
Authors KOUTNÁ, Irena (203 Czech Republic, guarantor), Petr KRONTORÁD (203 Czech Republic), Zbyněk SVOBODA (203 Czech Republic) and Michal KOZUBEK (203 Czech Republic).
Edition Klinická onkologie, Czech Republic, ApS BRNO, 2006, 0862-495X.
Other information
Original language Czech
Type of outcome Article in a journal
Field of Study Genetics and molecular biology
Country of publisher Czech Republic
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
RIV identification code RIV/00216224:14330/06:00016105
Organization unit Faculty of Informatics
Keywords in English microarrays; leukemia; colon cancer; ex vivo diferentiation
Tags colon cancer, ex vivo diferentiation, leukemia, microarrays
Tags Reviewed
Changed by Changed by: doc. RNDr. Irena Koutná, Ph.D., učo 18705. Changed: 12/2/2007 07:49.
Abstract
V této publikaci přinášíme přehled vědeckých prací, ve kterých nám technologie cDNA microarrays umožnila nové náhledy do procesů maligní transformace. Díky této technologii dnes můžeme sledovat v jeden okamžik expresní aktivitu tisíců genů. S pomocí vhodných nástrojů můžeme naměřené hodnoty dávat do souvislostí, které byly ještě nedávno prakticky nemyslitelné. V naší laboratoři jsme vyvinuli nové nástroje a postupy pro analýzu microarrays a pro zpracování výsledků do podoby použitelné v onkologickém výzkumu. Pro sledování některých charakteristik je nutné použít vizualizační nástroje. Například pro sledování aktivity určitých oblastí chromosomů jsou velmi vhodné transkripční mapy (dále TM). Implementovali jsme vlastní software pro generování TM a díky kombinaci jeho výstupů s dosavadními znalostmi jsme formulovali závěry našich experimentů. Intuitivním rozšířením TM jsme dosáhli mnoha dalších vizualizací např. hustoty aktivních genů, kumulativní exprese oblastí atp. Tyto nástroje by měly v budoucnosti pomáhat klinikům při diagnostice zhoubných malignit a určování následné léčby.
Abstract (in English)
In this paper we bring a scientific review of studies in which cDNA microarrays technology allowed us to create new insights into malignant transformation processes. We can monitor parallel expression activity of thousands of genes using this technology. Using appropriate tools we can evaluate biological correlations that were practically impossible few years ago. We have developed new tools and techniques transforming the data into form suitable for oncological research. Special visualizations are necessary for some types of studies. E.g. transcription maps are proper tool for studying activity of chromosomal regions. We have implemented our own software for TM generating. On the basis of combination of its outputs and actual knowledge we have formulated our conclusions. Using intuitive TM extensions we have obtained many useful visualizations e.g. density of active genes, cumulative expression etc. These tools are supposed to help clinicians while forming diagnoses of malignant diseases and while treatment planning. Keywords: microarrays, leukemia, colorectal carcinoma, ex vivo differentiation
Links
GP301/04/P136, research and development projectName: Včasná diagnostika leukémií užitím technologie DNA-mikročipů a sledováním epigenetických změn
Investor: Czech Science Foundation, Postdoctoral projects
1A8241, research and development projectName: Nové možnosti diagnostiky leukémií s využitím technologie DNA-mikročipů
Investor: Ministry of Health of the CR, Health of People (National Research Programme)
PrintDisplayed: 27/2/2021 18:11