Detailed Information on Publication Record
2007
New insights into gene positional clustering and its properties supported by large-scale analysis of various differentiation pathways
KOUTNÁ, Irena, Petr KRONTORÁD, Zbyněk SVOBODA, Eva BÁRTOVÁ, Michal KOZUBEK et. al.Basic information
Original name
New insights into gene positional clustering and its properties supported by large-scale analysis of various differentiation pathways
Name in Czech
Nové poznatky v oblasti pozičního klastrování genů získané globální analýzou diferenciačních drah
Authors
KOUTNÁ, Irena (203 Czech Republic, guarantor), Petr KRONTORÁD (203 Czech Republic), Zbyněk SVOBODA (203 Czech Republic), Eva BÁRTOVÁ (203 Czech Republic), Michal KOZUBEK (203 Czech Republic) and Stanislav KOZUBEK (203 Czech Republic)
Edition
Genomics, United States, Elsevier Science Inc, 2007, 0888-7543
Other information
Language
English
Type of outcome
Článek v odborném periodiku
Field of Study
Genetics and molecular biology
Country of publisher
United States of America
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impact factor
Impact factor: 3.613
RIV identification code
RIV/00216224:14330/07:00019031
Organization unit
Faculty of Informatics
UT WoS
000243302400008
Keywords in English
Gene clustering; Differentiation; Microarrays; HL-60; K-562
Tags
Tags
International impact, Reviewed
Změněno: 8/2/2008 10:16, doc. RNDr. Irena Koutná, Ph.D.
V originále
To understand how genes are distributed on chromosomes we bring new insights into gene positional clustering and its properties. We have made a large-scale analysis of three types of differentiation and we observed that genes that subsequently enter into different cell processes are positionally clustered on chromosomes. Genes from the clusters are transcribed subsequently with respect to time kinetics and also to position. This means that the genes related to a cellular process are clustered together, independent of the period of time during which they are active and important for the process. Our results also demonstrate not only that there are general regions of increased or decreased levels of gene expression, but also that, in fact, in some chromosome regions we can find clustering of genes related to specific cell processes. The results provided in this paper also support the theory of transcription factories and show that transcription of genes from the clusters is managed by softer epigenetic mechanisms.
In Czech
Naše práce přináší nové poznatky o vlastnostech genů a jejich pozičním klastrování, a přispívá k pochopení distribuce genů na chromozomech. Provedli jsme globální analýzu tří typů diferenciace a pozorovali jsme poziční klastrování genů na chromozomech, které postupně vstupují do rozdílných buněčných procesů. Geny z klastrů jsou transkribovány postupně, vzhledem k časové kinetice a také jejich pozici. Z toho vyplývá, že geny podílející se na určitém procesu v buňce jsou umístněny v klastrech, nezávisle na čase jejich aktivace v daném procesu. Naše výsledky dokazují nejen existenci regionů se zvýšenou či sníženou hladinou exprese, ale také to, že v určitých chromozomálních regionech se nachází klastry genů, podílejících se na specifickém buněčném procesu. Naše výsledky mimo jiné podporují teorii "transkripčních továren" a ukazují, že při transkripci z klastrů hrají důležitou roli jemnější epigenetické mechanismy
Links
| GP301/04/P136, research and development project |
| ||
| LC535, research and development project |
| ||
| MSM0021622419, plan (intention) |
| ||
| 1A8241, research and development project |
|