Detailed Information on Publication Record
2006
Molecular markers used in phylogenetic studies of Diptera with a methodological overview
TÓTHOVÁ, Andrea, Josef BRYJA, Petr BEJDÁK and Jaromír VAŇHARABasic information
Original name
Molecular markers used in phylogenetic studies of Diptera with a methodological overview
Name in Czech
Molekulární markery použity v studiu dvoukřídlích s metodickým souhrnem
Authors
TÓTHOVÁ, Andrea (703 Slovakia, guarantor), Josef BRYJA (203 Czech Republic), Petr BEJDÁK (203 Czech Republic) and Jaromír VAŇHARA (203 Czech Republic)
Edition
Acta Universitatis Carolinae, Praha, Univerzita Karlova, 2006, 0001-7132
Other information
Language
English
Type of outcome
Článek v odborném periodiku
Field of Study
10600 1.6 Biological sciences
Country of publisher
Czech Republic
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
RIV identification code
RIV/00216224:14310/06:00017828
Organization unit
Faculty of Science
Keywords in English
Diptera molecular markers phylogeny
Tags
Reviewed
Změněno: 12/12/2006 15:42, RNDr. Andrea Špalek Tóthová, Ph.D.
V originále
The use of DNA analysis permits to resolve many taxonomic and phylogenetic problems at different levels. In this study, we try to give a summary of used genetic markers on different taxonomic levels in the phylogenetic study of Diptera and a methodical overview of the laboratory methods. The gene choice is of crucial importance. Some of the gene markers are applicable in a wide range of taxonomic levels in the Diptera flies (16S, COI, 18S, tRNA-leucine), other are limited to lower (subgeneric or intraspecific) level (cytB). Within the gene choice, the proper DNA extraction is also very important task, what works upon a success of the whole process.
In Czech
Používanie analýz DNA umožňuje riešiť taxonomické a fylogenetické problémy na rôznych úrovniach. Táto práca podáva prehľad v súčasnosti používaných genetických markerov pri štúdiu dvojkrídleho hmyzu. Výber vhodného génu pri riešení daného taxonomického problému má kľúčovú úlohu pre zaistenie kvalitného a realistického výsledku. Mnohé z génov sú použiteľné na rôznych taxonomických stupňoch (16S, COI, 18S), iné sú obmedzené na výlučne na nižšie (medzi- a vnútrodruhové analýzy) (cytB). Okrem prehľadu používaných génových markerov práca podáva prehľad laboratórnych metód použitých pri extrakcii i optimalizovaní PCR reakcií. Sú tu uvedené limitujúce podmienky extrahovania DNA i predbežné výsledky analýz vybraných skupín dvojkrídlovcov. V súčasnosti bežiaci výskum je zameraný na rekonštrukciu fylogenetických vzťahov v čeľadiach Stratiomyidae, Ceratopogonidae, Tachinidae a Simuliidae. Na riešenie rôznych taxonomických problémov boli vybrané viaceré genetické markery (16S, 28S, COI, cytB). Počas extrakcie DNA sme narazili na niekoľko limitujúcich faktorov, ako je napr. vek sušeného materiálu, extrakcia bez použitia tekutého dusíku, atď. K dispozícii bolo okolo 100 parciálnych sekvencií dvojkrídlovcov (v súčasnej dobe je to už vyše 300 sekvencií), ktoré budú využité k rekonštrukcii fylogenetických vzťahov v rámci jednotlivých čeľadí použitím metód „maximum parsimony“, „neighbour-joining“ a „maximum likelihood“, prípadne ďalších.
Links
| MSM0021622416, plan (intention) |
|