Molecular markers used in phylogenetic studies of Diptera with a methodological overview

TÓTHOVÁ, Andrea, Josef BRYJA, Petr BEJDÁK and Jaromír VAŇHARA. Molecular markers used in phylogenetic studies of Diptera with a methodological overview. Acta Universitatis Carolinae. Praha: Univerzita Karlova, 2006, vol. 50, 1-2, p. 125-133. ISSN 0001-7132.

Basic information

• Original name: Molecular markers used in phylogenetic studies of Diptera with a methodological overview
• Name in Czech: Molekulární markery použity v studiu dvoukřídlích s metodickým souhrnem
• Authors: TÓTHOVÁ, Andrea (703 Slovakia, guarantor), Josef BRYJA (203 Czech Republic), Petr BEJDÁK (203 Czech Republic) and Jaromír VAŇHARA (203 Czech Republic).
• Edition: Acta Universitatis Carolinae, Praha, Univerzita Karlova, 2006, 0001-7132.

Other information

• Original language: English
• Type of outcome: Article in a journal
• Field of Study: 10600 1.6 Biological sciences
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/06:00017828
• Organization unit: Faculty of Science
• Keywords in English: Diptera molecular markers phylogeny
• Tags: Diptera molecular markers phylogeny
• Tags: Reviewed

Abstract

The use of DNA analysis permits to resolve many taxonomic and phylogenetic problems at different levels. In this study, we try to give a summary of used genetic markers on different taxonomic levels in the phylogenetic study of Diptera and a methodical overview of the laboratory methods. The gene choice is of crucial importance. Some of the gene markers are applicable in a wide range of taxonomic levels in the Diptera flies (16S, COI, 18S, tRNA-leucine), other are limited to lower (subgeneric or intraspecific) level (cytB). Within the gene choice, the proper DNA extraction is also very important task, what works upon a success of the whole process.

Abstract (in Czech)

Používanie analýz DNA umožňuje riešiť taxonomické a fylogenetické problémy na rôznych úrovniach. Táto práca podáva prehľad v súčasnosti používaných genetických markerov pri štúdiu dvojkrídleho hmyzu. Výber vhodného génu pri riešení daného taxonomického problému má kľúčovú úlohu pre zaistenie kvalitného a realistického výsledku. Mnohé z génov sú použiteľné na rôznych taxonomických stupňoch (16S, COI, 18S), iné sú obmedzené na výlučne na nižšie (medzi- a vnútrodruhové analýzy) (cytB). Okrem prehľadu používaných génových markerov práca podáva prehľad laboratórnych metód použitých pri extrakcii i optimalizovaní PCR reakcií. Sú tu uvedené limitujúce podmienky extrahovania DNA i predbežné výsledky analýz vybraných skupín dvojkrídlovcov. V súčasnosti bežiaci výskum je zameraný na rekonštrukciu fylogenetických vzťahov v čeľadiach Stratiomyidae, Ceratopogonidae, Tachinidae a Simuliidae. Na riešenie rôznych taxonomických problémov boli vybrané viaceré genetické markery (16S, 28S, COI, cytB). Počas extrakcie DNA sme narazili na niekoľko limitujúcich faktorov, ako je napr. vek sušeného materiálu, extrakcia bez použitia tekutého dusíku, atď. K dispozícii bolo okolo 100 parciálnych sekvencií dvojkrídlovcov (v súčasnej dobe je to už vyše 300 sekvencií), ktoré budú využité k rekonštrukcii fylogenetických vzťahov v rámci jednotlivých čeľadí použitím metód „maximum parsimony“, „neighbour-joining“ a „maximum likelihood“, prípadne ďalších.

Links

• MSM0021622416, plan (intention): Name: Diverzita biotických společenstev a populací: kauzální analýza variability v prostoru a čase

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Diversity of Biotic Communities and Populations: Causal Analysis of variation in space and time