RITTICH, Bohuslav, Alena ŠPANOVÁ, Petra NĚMCOVÁ and Daniel HORÁK. Use of an aqueous two-phase system and solid magnetic hydrophilic particles for isolationof PCR-ready DNA from dairy products. In 26th International symposium on Separation of Proteins, Peptides and Polynucleotides. Innsbruck: Dechema, 2006, p. 76-76.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name Use of an aqueous two-phase system and solid magnetic hydrophilic particles for isolationof PCR-ready DNA from dairy products
Name in Czech Využití dvoufázového vodného systému a pevných magnetických hydrofilních částic k izolaci DNA v kvalitě pro PCR z mléčných výrobků
Authors RITTICH, Bohuslav (203 Czech Republic, guarantor), Alena ŠPANOVÁ (203 Czech Republic), Petra NĚMCOVÁ (203 Czech Republic) and Daniel HORÁK (203 Czech Republic).
Edition Innsbruck, 26th International symposium on Separation of Proteins, Peptides and Polynucleotides, p. 76-76, 1 pp. 2006.
Publisher Dechema
Other information
Original language English
Type of outcome Proceedings paper
Field of Study 10600 1.6 Biological sciences
Country of publisher Austria
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
RIV identification code RIV/00216224:14310/06:00016211
Organization unit Faculty of Science
Keywords in English Bifidobacterium; Dairy products; Identification; PCR; P(HEMA-co-EDMA) magnetic particles; Two-phase system
Tags Bifidobacterium, dairy products, identification, P(HEMA-co-EDMA) magnetic particles, PCR, Two-phase system
Tags International impact
Changed by Changed by: doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc., učo 1639. Changed: 5/1/2007 18:22.
Abstract
The identification of bacteria in real samples implies several steps: preparation of PCR-ready DNA and identification of bacterial strains by PCR. In some samples of dairy products the sensitivity of PCR was decreased due to the presence of PCR inhibitors. In these cases PCR-ready DNAs were isolated using an aqueous two-phase system, composed of 16 % (w/v) PEG 6000, NaCl and solid magnetic hydrophilic (P(HEMA-co-EDMA)) microspheres containing carboxyl groups. The method developed was applied for isolation of PCR-ready DNA from Bifidobacterium cells in some dairy products (different yoghurt samples). PCR was performed using PbiF1 and PbiR2 primers which enable amplification of a 914 bp long DNA fragment specific to the Bifidobacterium genus (Roy and Sirois, 2000). PCR products were detected using electrophoresis in 1.5 % agarose gel in TBE buffer.
Abstract (in Czech)
Identifikace bakterií v reálných vzorcích zahrnuje několik kroků: přípravu DNA v kvalitě pro PCR a identifikaci bakteriálních kmenů pomocí PCR. V některých vzorcích mléčných výrobků citlivost PCR byla snížena přítomností PCR inhibitorů. V techto případech byla DNA v čistotě vhodné pro PCR izolována pomocí dvoufázového vodného systému, který se skládal z 16 % PEG 6000, NaCl a magnetických hydrofilních mikročástic (P(HEMA-co-EDMA)obsahujících karboxylové skupiny. Vyvinutý postup byl použit pro izolaci DNA z buněk bifidobakterií v některých mléčných výrobcích (rozdílné druhy jogurtů). PCR byla provedena s použitím PbiF1 a PbiR2 primerů, které při amplifikaci poskytují914 bp dlouhý fragment specifický pro bifidobakterie (Roy and Sirois, 2000). PCR produkty byly detekovány elektroforézou na 1,5 % garózovém gelu v TBE pufru.
Links
GA203/05/2256, research and development projectName: Magnetické hydrofilní polymerní mikročástice reagující na vnější stimuly pro lékařství a bioinženýrství
Investor: Czech Science Foundation, Magnetic stimuli-responsive hydrophilic polymer microspheres for biomedicine/bioengineering
MSM0021622415, plan (intention)Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations
1G46045, research and development projectName: Molekulárně biologická analýza tuzemského fondu produkčních kmenů baktérií mléčného kvašení.
Investor: Ministry of Agriculture of the CR, Introduction of new traits for quality and stability improving in variety production of selcted leguminous species by hybridization methods
1G57037, research and development projectName: Aplikace molekulárně biologických metod pro efektivní využití genetických zdrojů BMK a pro charakterizaci kvality funkčních potravin.
Investor: Ministry of Agriculture of the CR, Aplication of molecular biology methods for the effective use of genetic sources of LAB and the characterisation of functional foods quality
PrintDisplayed: 31/7/2024 16:23