D 2006

Identification of mycobacterium sp. cells using PCR after isolation of PCR-ready DNA by magnetic microspheres

TĚŠÍNSKÁ, Iva, Alena ŠPANOVÁ, Bohuslav RITTICH and Milan BARTOŠ

Basic information

Original name

Identification of mycobacterium sp. cells using PCR after isolation of PCR-ready DNA by magnetic microspheres

Name in Czech

Identifikace buněk Mycobacterium sp. pomocí PCR po izolaci DNA pomocí magnetických mikročástic

Authors

TĚŠÍNSKÁ, Iva (203 Czech Republic), Alena ŠPANOVÁ (203 Czech Republic), Bohuslav RITTICH (203 Czech Republic, guarantor) and Milan BARTOŠ (203 Czech Republic)

Edition

Innsbruck, 26th International symposium on Separation of Proteins, Peptides and Polynucleotides, p. 77-77, 1 pp. 2006

Publisher

Dechema

Other information

Language

English

Type of outcome

Stať ve sborníku

Field of Study

10600 1.6 Biological sciences

Country of publisher

Austria

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

RIV identification code

RIV/00216224:14310/06:00016212

Organization unit

Faculty of Science

Keywords in English

Mycobacterium; Identification; PCR; P(HEMA-co-GMA) magnetic particles;

Tags

Tags

International impact
Změněno: 5/1/2007 18:42, doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc.

Abstract

ORIG CZ

V originále

The aim of this work was to optimize the conditions for DNA and RNA adsorption and desorption depending on the composition of the binding buffer. For this study, chicken erythrocyte DNA and calf liver RNA were used as model compounds. The final binding buffer composition was optimized using the following combinations: 4, 6, 8, and 12% PEG, and 1.0, 1.5, 2.0, and 2.5M NaCl. The binding buffer containing 8% PEG and 2M NaCl (final concentration) was shown to be the most appropriate combination for further studies. Separated DNA was eluted using TE buffer. The method developed was applied for isolation of PCR-ready DNA from mycobacterial cells using magnetic particles. Mycobacterial DNA from the eluate was detected by amplification of the IS900 and IS901 elements, special markers for the species Mycobacterium sp. avium and Mycobacterium sp. paratuberculosis. .

In Czech

Cílem této práce bylo optimalizovat pro adsorpci a desorpci v závislosti na složení vazebného pufru.DNA z kuřecích erytrocytů a RNA z hovězích jater byly použity jako modelové sloučeniny. Optimalizace vazebného pufru byla provedena z následujících kombinací: 4, 6, 8, a 12% PEG; a 1,0, 1,5, 2,0, and 2,5 M NaCl. Vazebný pufr obsahující 8 % PEG a 2 M NaCl byl shledán jako nejvhodnější kombinace pro další studue. Separovaná DNAbyla eluována pomocí TE pufru. Vyvinutý postup byl využit pro izolaci DNA v kvalitě pro PCR z buněk mykobakterií za použitímagnetických částic. DNA v eluátu byla detekována amplifikací IS900 a IS901 elementů, speciciálních markerů pro druhy Mycobacterium sp. avium a Mycobacterium sp. paratuberculosis.

Links

GA203/05/2256, research and development project
Name: Magnetické hydrofilní polymerní mikročástice reagující na vnější stimuly pro lékařství a bioinženýrství
Investor: Czech Science Foundation, Magnetic stimuli-responsive hydrophilic polymer microspheres for biomedicine/bioengineering