Detailed Information on Publication Record
2006
In situ hybridisation technique for mRNA detection in whole mount Arabidopsis samples.
HEJÁTKO, Jan, I. BLILOU, P. B BREWER, Jiří FRIML, B. SCHERES et. al.Basic information
Original name
In situ hybridisation technique for mRNA detection in whole mount Arabidopsis samples.
Name in Czech
In situ hybridizace pro detekci mRNA Arabidopsis metodou whole-mount.
Authors
HEJÁTKO, Jan (203 Czech Republic, guarantor), I. BLILOU (528 Netherlands), P. B BREWER (36 Australia), Jiří FRIML (203 Czech Republic), B. SCHERES (528 Netherlands) and Eva BENKOVA (703 Slovakia)
Edition
Nature Protocols, U.S.A. Nature Publishing Group, 2006, 1745-2473
Other information
Language
English
Type of outcome
Článek v odborném periodiku
Field of Study
Genetics and molecular biology
Country of publisher
United States of America
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impact factor
Impact factor: 12.040
RIV identification code
RIV/00216224:14310/06:00018083
Organization unit
Faculty of Science
UT WoS
000251155500033
Keywords in English
in situ mRNA localization; whole mount; Arabidopsis
Tags
International impact, Reviewed
Změněno: 8/7/2009 17:18, doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D.
V originále
High throughput microarray transcription analyses provide us with the expression profiles for large amounts of plant genes. However, their tissue and cellular resolution is limited. Thus, for detailed functional analysis, it is still necessary to examine the expression pattern of selected candidate genes at a cellular level. Here, we present an in situ mRNA hybridisation method that is routinely used for the analysis of plant gene expression patterns. The protocol is optimised for whole mount mRNA localisations in Arabidopsis seedling tissues including embryos, roots, hypocotyls and young primary leaves. It can also be used for comparable tissues in other species. Part of the protocol can also be automated and performed by a liquid handling robot. Here we present a detailed protocol, recommended controls and troubleshooting, along with examples of several applications. The total time to carry out the entire procedure is ~7 d, depending on the tissue used.
In Czech
In situ lokalizace genů je technika, která umožňuje přesnou lokalizaci transkripční aktivity jednotlivých genů na úrovni pletiv i jednotlivých buněk. Zde prezentujeme metodu, která je rutinně využívána v analýze genové exprese a to metodou whole mount, tedy bez nutnosti připravovat řezy. Metoda je vhodná pro analýzu genové exprese v mnoha různých typů pletiv Arabidopsis thaliana, včetně embryí, kořenů, hypokotylů a mladých listů. Je předkládán detailní popis celé metody včetně doporučených kontrol a řešení potenciálních problémů s příklady aplikace protokolu na konkrétní geny. Celkový čas nutný k provedení metody je přibližně 7 dní.
Links
| LC06034, research and development project |
| ||
| MSM0021622415, plan (intention) |
|