Výzkum malých a středních toku je hlavní náplní našeho pracoviště Laboratoře biologie tekoucích vod. Směřování k tomuto typu toků vyplynulo se zjištění, že v těchto typech ještě nacházíme původní resp. málo ovlivněné úseky. Jak vyplynulo s řešení projektů EU AQEM a STAR a projektů PERLA aj. i v těchto typech toků začíná být velký problém nalezení neovlivněného úseku, který by zcela vyhovoval podmínkám pro referenční profily. Vytipovali jsme si několik úseků toků v povodí Moravy (Loučka – H. Loučky až Skryje, Hadůvka – Drahonín, Rokytná – Rokytná, Dyje – Podhradí a Vranov, Bečva – Osek n. Bečvou). Na těchto úsecích provádíme komplexní výzkum, tak abychom mohli provádět srovnání s jinými toky v jiných povodích v Evropě s cílem nalezení společných obecných ekologických vlastností a procesů a také k nalezení odlišností a to jak environmentálních charakteristikách, složení společenstev, tak ve vlastnostech společenstev a populací. V rámci dlouhodobého řešení se zabýváme charakteristikou hyporealu a složením hyporeosu, habitatovou preferencí druhů (populací) a společenstev (taxocenoz), životními cykly a potravou bezobratlých, především hmyzu. První výsledky se týkají např. rozdílnosti utváření hyporealu v alpských tocích a tocích hercynika, kde byly zjištěny zcela jiné charakteristiky propustnosti a hloubky zvodnělé vrstvy a tím tloušťky vrstvy s významnými počty druhů a celkovou početnosti (v alpských tocích do hloubky až 70 cm a více, v našich tocích do hloubky 40 cm a méně. Významný rozdíl je také ve vytváření ( rychlost a časová stálost) a rozmanitosti mesohabitatů a složení společenstev. Vše směřuje k vysvětlení procesů podle teorie habitat templet concept a dle teorií dynamické mozaiky (patch dynamic concept) a hnízdovitosti (nestedness). Z praktického hlediska pak jde o stanovení vlastností (traits) populací a společenstev na masohabitatech a v různých typech toků a využití těchto informací pro bioindikaci.