Elastic properties of ribosomal RNA building blocks: Molecular dynamics study

RÁZGA, Filip, Jaroslav KOČA a Jiří ŠPONER. Elastic properties of ribosomal RNA building blocks: Molecular dynamics study. Online. In Strukturní biofyzika makromolekul II. první. Brno: Brno, 2007. s. 14-14. [citováno 2024-04-24]

Základní údaje

• Originální název: Elastic properties of ribosomal RNA building blocks: Molecular dynamics study
• Název česky: Elastické vlastnosti stavebných blokov ribozomálnej RNA: Molekulovo dynamická štúdia
• Autoři: RÁZGA, Filip, Jaroslav KOČA a Jiří ŠPONER
• Vydání: první. Brno, Strukturní biofyzika makromolekul II, od s. 14-14, 1 s. 2007.
• Nakladatel: Brno

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Stať ve sborníku
• Obor: 10403 Physical chemistry
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• Klíčová slova anglicky: RNA flexibility; Molecular dynamics
• Štítky: molecular dynamics, RNA flexibility

Anotace

Explicit solvent Molecular Dynamics was used to describe the intrinsic flexibility of 23S rRNA Kink-turn motifs (e.g. Kt-38, Kt-42, Kt-58) and 23S rRNA Helix 42-44 (i.e. GTPase associated center rRNA with adjacent Kt-42). We demonstrate how rRNA building blocks with contrasting intrinsic flexibilities can form larger architectures with highly specific patterns of preferred low-energy motions and geometries. Additionally, the preferred low-energy motions of different rRNA motifs (e.g. 23S rRNA Kink-turn motifs, 23S rRNA Helix 42-44 (i.e. GTPase associated center rRNA), 23S rRNA Helix 90-92 (i.e. three-way-junction with A-loop), 23S Sarcin-ricin loop, 16S rRNA Helix 44 and 5S rRNA loop E) will be compared and discussed.

Anotace česky

Explicit solvent Molecular Dynamics was used to describe the intrinsic flexibility of 23S rRNA Kink-turn motifs (e.g. Kt-38, Kt-42, Kt-58) and 23S rRNA Helix 42-44 (i.e. GTPase associated center rRNA with adjacent Kt-42). We demonstrate how rRNA building blocks with contrasting intrinsic flexibilities can form larger architectures with highly specific patterns of preferred low-energy motions and geometries. Additionally, the preferred low-energy motions of different rRNA motifs (e.g. 23S rRNA Kink-turn motifs, 23S rRNA Helix 42-44 (i.e. GTPase associated center rRNA), 23S rRNA Helix 90-92 (i.e. three-way-junction with A-loop), 23S Sarcin-ricin loop, 16S rRNA Helix 44 and 5S rRNA loop E) will be compared and discussed.