Využití profilů genové exprese ke stanovení prognózy a predikci
léčebné odpovědi u pacientů s kolorektálním karcinomem

D 2007

Využití profilů genové exprese ke stanovení prognózy a predikci léčebné odpovědi u pacientů s kolorektálním karcinomem

SLABÝ, Ondřej, Marek SVOBODA, Ingrid GARAJOVÁ, Eva KREJČÍ, Tamara ŠMERDOVÁ et. al.

Basic information

Original name

Využití profilů genové exprese ke stanovení prognózy a predikci léčebné odpovědi u pacientů s kolorektálním karcinomem

Name (in English)

Usage of gene expression profiles for prognosis and therapy response prediction of colorectal cancer patients

Authors

Edition

2007. vyd. Brno, 51. Studenstká vědecká konference. Program a abstrakta, p. 53-53, 2007

Publisher

Lékařská fakulta Masarykovy univezity v Brně

Other information

Language

Czech

Type of outcome

Stať ve sborníku

Field of Study

30200 3.2 Clinical medicine

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

References:

URL

Organization unit

Faculty of Medicine

Keywords in English

colorectal cancer; prognosis; prediction

Abstract

ORIG EN

V originále

Kolorektální karcinom (KRK) patří v České republice k nejčetnějším nádorovým onemocněním. Rozdělení pacientů do klinických stádií do jisté míry předurčuje jejich dlouhodobou prognózu, mezi pacienty jednoho a téhož stádia ovšem existují velmi významné rozdíly jak v prognóze (délka života), tak v odpovědi na použité léčebné postupy. Cílem této studie bylo ověřit možnosti využití profilů genové exprese ke stanovení prognózy pacientů s kolorektálním karcinomem v klinickém stádiu II a III a k predikci léčebné odpovědi na chemoradioterapii u pacientů s lokálně pokročilým karcinomem rekta. Do studie bylo zařazeno 23 pacientů s histologicky potvrzeným kolorektálním karcinomem v klinickém stádiu II a III. Šest pacientů mělo dobrou prognózu s délkou bezpříznakového přežití (DFS) delší než 36 měsíců (medián 43), šest mělo špatnou prognózu s DFS kratším než 36 měsíců (medián 13). Z 11 pacientů s lokálně pokročilým karcinomem rekta, kteří podstoupili neoadjuvantní konkomitantní chemoradioterapii založenou na fluoropyrimidinech, došlo u pěti ke kompletní patologické remisi, u zbývajících šesti nebyla znatelná léčebná odpověď. U 12 primárních nádorů pacientů se známým DFS (follow-up minimálně 36 měsíců) byla stanovena exprese 128 genů potenciálně zapojených do procesů metastazování a nádorové invazivity pomoci komerčního nízkohustotního oligonukleotidového makročipu. Pro predikci léčebné odpovědi byly použity makročipy nesoucí sondy pro 440 genů s popsanou funkcí v nádorové biologii. Analýzou expresních profilů pomocí t-testu (alfa = 0,01) a metody SAM (Significance Analysis of Microarrays, delta = 1,5) jsme identifikovali 10 genů (9 up-regulovaných, 1 down-regulovaný) s minimálně dvojnásobným rozdílem v expresi v primárních nádorech pacientů se špatnou prognózou. Tato skupina genů umožnila v následné klastrové analýze (HCL) pacienty rozdělit do skupin dle prognózy. Poprvé byla u kolorektálního karcinomu s nepříznivou prognózou identifikována zvýšená exprese genů pro hepatální růstový faktor HGF a transkripční faktor ETV4. Za použití metody SAM (delta = 0,5) jsme identifikovali 7 genů up-regulovaných u pacientů neodpovídajících na neoadjuvantní chemoradioterapii. Anti-apoptické geny MDM4, calnexin a CD24 byly popsány poprvé a jejich biologická funkce je v souladu s pozorovaným fenotypem. Vybrané geny z makročipových analýz byly úspěšně validovány metodou qRT-PCR. Naše předběžné výsledky naznačují, že nízkohustotní oligonukleotidové makročipy jsou velice užitečnou pomůckou při studiu jak nádorové invazivity a diseminace tak chemo- a radio-rezistence. Práce byla podpořena grantem IGA MZ ČR NR/9076.

In English

-----

Links

NR9076, research and development project

Name: Genomické profilování v predikci odpovědi na chemoradioterapii u pacientů s lokálně pokročilým karcinomem konečníku

Citovat

SLABÝ, Ondřej, Marek SVOBODA, Ingrid GARAJOVÁ, Eva KREJČÍ, Tamara ŠMERDOVÁ, Dana KNOFLÍČKOVÁ, Miroslav SVOBODA, Ilona KOCÁKOVÁ, Roman ŠEFR, Jana RŮŽICKOVÁ, Pavel ŠLAMPA, Jiří HOCH and Rostislav VYZULA. Využití profilů genové exprese ke stanovení prognózy a predikci léčebné odpovědi u pacientů s kolorektálním karcinomem (Usage of gene expression profiles for prognosis and therapy response prediction of colorectal cancer patients). In 51. Studenstká vědecká konference. Program a abstrakta. 2007th ed. Brno: Lékařská fakulta Masarykovy univezity v Brně, 2007, p. 53.

@inproceedings{718415,
   author = {Slabý, Ondřej and Svoboda, Marek and Garajová, Ingrid and Krejčí, Eva and Šmerdová, Tamara and Knoflíčková, Dana and Svoboda, Miroslav and Kocáková, Ilona and Šefr, Roman and Růžicková, Jana and Šlampa, Pavel and Hoch, Jiří and Vyzula, Rostislav},
   address = {Brno},
   booktitle = {51. Studenstká vědecká konference. Program a abstrakta},
   edition = {2007},
   keywords = {colorectal cancer; prognosis; prediction},
   language = {cze},
   location = {Brno},
   pages = {53-53},
   publisher = {Lékařská fakulta Masarykovy univezity v Brně},
   title = {Využití profilů genové exprese ke stanovení prognózy a predikci léčebné odpovědi u pacientů s kolorektálním karcinomem},
   url = {http://spolek1.med.muni.cz/svk/program-konference.php},
   year = {2007}
}

TY  - JOUR
ID  - 718415
AU  - Slabý, Ondřej - Svoboda, Marek - Garajová, Ingrid - Krejčí, Eva - Šmerdová, Tamara - Knoflíčková, Dana - Svoboda, Miroslav - Kocáková, Ilona - Šefr, Roman - Růžicková, Jana - Šlampa, Pavel - Hoch, Jiří - Vyzula, Rostislav
PY  - 2007
TI  - Využití profilů genové exprese ke stanovení prognózy a predikci léčebné odpovědi u pacientů s kolorektálním karcinomem
PB  - Lékařská fakulta Masarykovy univezity v Brně
CY  - Brno
KW  - colorectal cancer
KW  - prognosis
KW  - prediction
UR  - http://spolek1.med.muni.cz/svk/program-konference.php
N2  - Kolorektální karcinom (KRK) patří v České republice k nejčetnějším nádorovým onemocněním. Rozdělení pacientů do klinických stádií do jisté míry předurčuje jejich dlouhodobou prognózu, mezi pacienty jednoho a téhož stádia ovšem existují velmi významné rozdíly jak v prognóze (délka života), tak v odpovědi na použité léčebné postupy. Cílem této studie bylo ověřit možnosti využití profilů genové exprese ke stanovení prognózy pacientů s kolorektálním karcinomem v klinickém stádiu II a III a k predikci léčebné odpovědi na chemoradioterapii u pacientů s lokálně pokročilým karcinomem rekta. Do studie bylo zařazeno 23 pacientů s histologicky potvrzeným kolorektálním karcinomem v klinickém stádiu II a III. Šest pacientů mělo dobrou prognózu s délkou bezpříznakového přežití (DFS) delší než 36 měsíců (medián 43), šest mělo špatnou prognózu s DFS kratším než 36 měsíců (medián 13). Z 11 pacientů s lokálně pokročilým karcinomem rekta, kteří podstoupili neoadjuvantní konkomitantní chemoradioterapii založenou na fluoropyrimidinech, došlo u pěti ke kompletní patologické remisi, u zbývajících šesti nebyla znatelná léčebná odpověď. U 12 primárních nádorů pacientů se známým DFS (follow-up minimálně 36 měsíců) byla stanovena exprese 128 genů potenciálně zapojených do procesů metastazování a nádorové invazivity pomoci komerčního nízkohustotního oligonukleotidového makročipu. Pro predikci léčebné odpovědi byly použity makročipy nesoucí sondy pro 440 genů s popsanou funkcí v nádorové biologii. Analýzou expresních profilů pomocí t-testu (alfa = 0,01) a metody SAM (Significance Analysis of Microarrays, delta = 1,5) jsme identifikovali 10 genů (9 up-regulovaných, 1 down-regulovaný) s minimálně dvojnásobným rozdílem v expresi v primárních nádorech pacientů se špatnou prognózou. Tato skupina genů umožnila v následné klastrové analýze (HCL) pacienty rozdělit do skupin dle prognózy. Poprvé byla u kolorektálního karcinomu s nepříznivou prognózou identifikována zvýšená exprese genů pro hepatální růstový faktor HGF a transkripční faktor ETV4. Za použití metody SAM (delta = 0,5) jsme identifikovali 7 genů up-regulovaných u pacientů neodpovídajících na neoadjuvantní chemoradioterapii. Anti-apoptické geny MDM4, calnexin a CD24 byly popsány poprvé a jejich biologická funkce je v souladu s pozorovaným fenotypem. Vybrané geny z makročipových analýz byly úspěšně validovány metodou qRT-PCR. Naše předběžné výsledky naznačují, že nízkohustotní oligonukleotidové makročipy jsou velice užitečnou pomůckou při studiu jak nádorové invazivity a diseminace tak chemo- a radio-rezistence. Práce byla podpořena grantem IGA MZ ČR NR/9076.
ER  -

SLABÝ, Ondřej, Marek SVOBODA, Ingrid GARAJOVÁ, Eva KREJČÍ, Tamara ŠMERDOVÁ, Dana KNOFLÍČKOVÁ, Miroslav SVOBODA, Ilona KOCÁKOVÁ, Roman ŠEFR, Jana RŮŽICKOVÁ, Pavel ŠLAMPA, Jiří HOCH and Rostislav VYZULA. Využití profilů genové exprese ke stanovení prognózy a predikci léčebné odpovědi u pacientů s kolorektálním karcinomem (Usage of gene expression profiles for prognosis and therapy response prediction of colorectal cancer patients). In \textit{51. Studenstká vědecká konference. Program a abstrakta}. 2007th ed. Brno: Lékařská fakulta Masarykovy univezity v Brně, 2007, p.~53.

Detailed Information on Publication Record