Využití MALDI-MS celobuněčných profilů při charakterizaci bakterií rodu Aeromonas

TESHIM, Andrea, Ludmila TVRZOVÁ, Ivo SEDLÁČEK, Ondrej ŠEDO, Zbyněk ZDRÁHAL and Matej LEXA. Využití MALDI-MS celobuněčných profilů při charakterizaci bakterií rodu Aeromonas (The application of MALDI MS whole-cell profiles of the genus Aeromonas). In Tomáškovy dny mladých mikrobiologů. 2007.

Basic information

• Original name: Využití MALDI-MS celobuněčných profilů při charakterizaci bakterií rodu Aeromonas
• Name in Czech: Využití MALDI-MS celobuněčných profilů při charakterizaci bakterií rodu Aeromonas
• Name (in English): The application of MALDI MS whole-cell profiles of the genus Aeromonas
• Authors: TESHIM, Andrea (203 Czech Republic), Ludmila TVRZOVÁ (203 Czech Republic, guarantor), Ivo SEDLÁČEK (203 Czech Republic), Ondrej ŠEDO (203 Czech Republic), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Czech Republic) and Matej LEXA (703 Slovakia).
• Edition: Tomáškovy dny mladých mikrobiologů, 2007.

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Conference abstract
• Field of Study: 10600 1.6 Biological sciences
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/07:00022166
• Organization unit: Faculty of Science
• Keywords in English: Aeromonas MALDI MS Whole cell analysis
• Tags: International impact, Reviewed

Abstract

Rod Aeromonas působí jako podmíněný patogen člověka, teplokrevných a hlavně studenokrevných živočichů. Je častým izolátem z humánního a veterinárního klinického materiálu. Taxonomie rodu se vyvíjí; dle současného systému klasifikace patří do čeledi Aeromonadaceae řádu Aeromonadales3. Rod vykazuje vysokou heterogenitu a genetickou proměnlivost, fenotypová diferenciace je obtížná. Validně bylo doposud popsáno 17 druhů aeromonád řazených do pěti skupin1. Metoda matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight2 hmotnostní spektrometrie je analytická technika identifikující markery bakteriálního proteomu. Je vhodná pro rychlou identifikaci spekter MALDI MS profilu, charakteristického v rámci rodu, druhu a kmene. Cílem práce byla optimalizace kultivace, přípravy vzorku a podmínek pro hmotnostní analýzu, následné stanovení MALDI-MS profilu rodu, vyhledání druhově a rodově specifických markerů a jejich využití k taxonomické diferenciaci. Z analýzy celobuněčných vzorků aeromonád byla získána hmotnostní spektra proteinových a peptidových markerů. Zpracování dat zahrnuje identifikaci a kvantifikaci píků, výpočet podobnosti mezi spektry, shlukovou analýzu dat a klasifikaci vzorku. S využitím metody MALDI TOF jsme docílili jasných a rychlých výsledků diferenciace 45ti kmenů aeromonád zahrnujících referenční kmeny i izoláty z prostředí. Významným přínosem metody byla vnitrodruhová diferenciace kmenů a odlišení druhů fenotypově nerozlišitelných.

Abstract (in English)

The genus Aeromonas is one of the medically important genera. Strains of this genus are often isolated from human and veterinary clinical material. The evolving taxonomy of the genus is in great progress. According to the contemporary system of classification genus belongs to the family Aeromonadacae and the order Aeromonadales3. The genus is typical by great heterogeneity and genetic variability; phenotypic differentiation is difficult. There were validly described 17 species of the genus Aeromonas classified into five groups1. Matrix assisted laser desorption/ionization time of flight2 mass spectrometry is an analytical technic, which identifies markers of the bacterial proteome. It is suitable for a rapid identification of spectral outcomes using MALDI MS profiles of the genus. Specific markers of genus and species are used for taxonomic differentiation. There were acquired typical mass spectra of protein and peptide markers by analysis of whole cells samples. The data processing means the identification and quantification of peak list, the calculation of similarity among spectra, cluster analysis and classification of the sample. By the use of the method MALDI TOF there were obtained clear and rapid outcomes for differentiation of 45 strains of the genus Aeromonas, including reference strains and the isolates from the environment. The important income of the method was intraspecies differentiation of the strains and differentiation of the species that are not distinguishable phenotypically.

Links

• LC06034, research and development project: Name: Regulace morfogeneze rostlinných buněk a orgánů

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Regulation of morphogenesis of plant cells and organs

• MSM0021622413, plan (intention): Name: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Proteins in metabolism and interaction of organisms with the environment

• MSM0021622415, plan (intention): Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations

• MSM0021622416, plan (intention): Name: Diverzita biotických společenstev a populací: kauzální analýza variability v prostoru a čase

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Diversity of Biotic Communities and Populations: Causal Analysis of variation in space and time